仕事を求めて町に流れ着いたネイダは、ホームレスのためのキャンプで寝泊りするようになる。ある日、教会でサングラスを発見したが、それを通して見えたものは、人間になりすまし町を支配している奇怪な侵略者の姿と、至るところに隠され人間を操っていた洗脳標識だった。その恐るべき真実を知ったネイダは侵略者と戦うことになる。

「アイ、ロボット」のアレックス・プロヤス×「24」のキーファー・サザーランドで贈る、全てが“謎”に包まれた新世紀SFスリラー!暗闇の中、目覚める一人の男。自分が誰なのか思い出せないまま、その男は「早く逃げろ」というの電話に追い立てられるように漆黒の街を彷徨い続ける。次々と出会う人物は謎めき、妻と名乗る美しい女の記憶すらない。一体この街で何が起きているのか…。

軍事用に開発されたロボットが落雷によってショート、人間的な感情を持ち始める。ナンバーファイブと名づけられたそのロボットは基地から脱走、軍は彼を破壊しようと追跡を開始する。偶然、ナンバーファイブと知り合った女性との交流をからめた、ロボット版「E.T.」。

ごく普通の平凡な女性ルーシーは、訪れた台北のホテルでマフィアの闇取引に巻き込まれ、下腹部にCPH4という新種の麻薬が入った袋を埋め込まれてしまう。この麻薬は通常10%までしか活用できない人間の脳の潜在能力を極限まで高めることができる恐ろしいものだった。運び屋として体内の麻薬と共に移動するよう命じられたルーシーだったが、麻薬を狙うマフィアに捕まってしまう。ルーシーは激しい拷問を受けるが、その拍子に体内の袋が破れ、彼女の脳は麻薬の力で覚醒し、超人的な力を発揮してその場から脱出する。

2028年のロサンゼルス。高額な会費を支払うことが可能な犯罪者だけが利用できる、ホテル兼会員制闇病院「ホテル・アルテミス」に、銀行強盗を犯し、致命傷を負った兄弟がその病院を訪れた。これがきっかけで、病院は開業以来最悪の事態を迎えることになる。

植民地を求め、遥か彼方の宇宙を行く探査船ダーク・スター。その船に積み込まれていた惑星爆破のための爆弾が流星群に突入した際に故障。クルーたちは船内での爆発を食い止めるため、思考メカニズムの付いた高性能爆弾を説得しようとするが……。

近未来。NASAは太陽系内の3カ所から発せられた奇妙な電波を受信する。3つを合わせると和音になることが判明、何者かからの意図的な信号という可能性から、国防省はネルソン大尉に調査任務を下す。往復10年にもわたる危険な旅に大尉の妻は反対するが、地球外生命体との遭遇の可能性もある重大さへの使命感から大尉は任務を受ける。そして542日目、大尉は最初の目的地である土星の衛星タイタンに到着する。