オーストラリア、グレートバリアリーフ。広大な海の中でカクレクマノミの400個の卵が孵化しようとしていた。しかし、無事に生まれたのは母親の命と引き換えに助かったたった1つだけ。父マーリンは、この子を“ニモ”と名付け、同じ悲劇を繰り返さないと誓い過保護なまでに大事に育てていく。そして6歳になったニモに、初めて学校へ行く日がやって来る。しかし、突然の悲劇がニモを襲う。彼は、人間のダイバーにさらわれてしまったのだ。打ちひしがれるマーリンだったが、陽気なナンヨウハギ、ドリーの助けを借りてニモを取り戻す旅へと出るのだった。

郊外の街で子供たちが姿を消し、さらに帰ってきた子供に遭遇した大人は、3日後に謎の死を遂げるという事件が発生。新聞記者の江崎駿也は事件について調査し始める。一方、彼の恋人で保育所勤務の原田尚美は、ある日母親が迎えに来なかった男の子を預かるが、そこへこどもつかいが近づき……。