De film gaat verder waar Evangelion 1.0 stopte: de paramilitaire organisatie NERV verdedigt de wereld tegen de terugkeer van de Angels, maar de voortdurende oorlog begint zijn tol te heffen. Shinji Ikari's relatief plezierige leventje krijgt een wending als een nieuwe groep Evangelion pilots, waarbij de roodharige Asuka Langley Shikinami, hem en Rei Ayanami komen bijstaan.
Goku, Gohan, Krillin en Oolongs kampeeruitje wordt wreed verstoord wanneer drie onbekenden hen aanvallen en proberen te vermoorden. Deze drie onbekenden blijken de 'Armor Squadron' te zijn, die door de kwaadaardige Cooler naar de Aarde zijn gestuurd.
Het pasgetrouwde stel Emma en Jude poogt hun relatie te beschermen wanneer ze zich in een dystopische wereld bevindt. Een virus verspreidt zich razendsnel over de planeet en veroorzaakt geheugenverlies bij de slachtoffers. Voortdurend is het koppel bang voor de mogelijkheid dat een van hen zowel de ander als zichzelf niet meer zal herinneren.
Rohit Verma, een nogal vreemde twintigjarige man met de hersens van een kind van twaalf, groeit uit tot een lokale held. Zo vliegt hij tijdens het basketballen en groeien zijn biceps enorm tijdens het slapen.
Peter krijgt een terugkerende nachtmerrie waarin hij zijn gezin verliest. Uiteindelijk wordt dit werkelijkheid wanneer de aarde bezet raakt door een kracht die uit is op geweld en vernietiging.
De 18e eeuw. Grafdelvers Arthur Blake (Dominic Monaghan) en Willie Grimes (Larry Fessenden) vertellen hun levensverhaal aan de priester Francis Duffy (Ron Perlman). Door hun verhalen leert de priester dat niet alle lijken hetzelfde zijn en dat er van alles plaats vindt in het schemergebied tussen leven en dood.
Bizarre buitenaardse wezens landen in het nachtelijke Iowa in de Verenigde Staten. Agenten Sam en Andrew Nivens maken deel uit van het team dat van de regering de op handen zijnde invasie moet proberen in te dijken. Ze worden bijgestaan door Mary Sefton, een specialiste in buitenaardse biologie van de NASA. De buitenaardse wezens, een soort slakken die zich vasthechten aan de rug van de mens, blijken systematisch de gedachtewereld van de mens over te nemen, met de bedoeling de aarde te koloniseren.
Een familie wordt de trotste eigenaar van een nieuwe TV-satelliet-ontvanger. Op een dag ontvangen ze signalen van een andere planeet. Het blijkt dat diens bewoners hun afval dumpen door om te zetten in energie en via signalen naar de Aarde te sturen. In het signaal dat naar de familie is verstuurd blijkt een hongerig energiemonster te zitten...
Het rustige leven van een vuurtorenwachter en zijn gezin wordt verstoord wanneer een vliegende schotel en zijn buitenaardse bewoners binnenvallen.