大学時代親友同士だったファランとラージューは、ある日同窓のチャトルから母校に呼び出される。チャトルは二人に、ランチョーというかつての学友の消息がつかめたことを話し、探しに行こうと持ちかけるのだった。 10年前、インド屈指の難関工科大学ICE（Imperial College of Engineering）。それぞれに家庭の期待を受けて入学してきたファランとラージュー、そして自由奔放な天才ランチョーの三人は寮でルームメイトとなる。何をするにも一緒の3人はしばしばバカ騒ぎをやらかし、学長や秀才だったチャトル等から"3 idiots"(三バカ)と呼ばれ目の敵にされていた。 物語は10年前の大学におけるエピソードと現代のランチョーを探す3人の旅を織り交ぜながら、やがてファラン達も知らなかった彼の秘密に迫っていく。

時は未来、辺り一面の荒野の中、たたずむ裸の男と女。お互い記憶も名前も覚えていなかった。遠くに巨大な都市が見える。その中の人々は、皆同じ顔をしていた。 突然吹き飛ぶ人々。その轟音の中に完全武装したPANDYとRETROがいた。 車を奪い、縦横無尽に逃げまくる！ 追いかける警官たち、壮絶なカーチェイス！！ しかし捕まり、2人は刑務所へと送られる。 その刑務所とは、二度と出られぬ月面の「DEAD LEAVES」であった。 そこで、彼女らを待ち受けるものとは一体……。