フィラルデフィア。一方は、大会社の経営陣のひとりとして手腕を見せるエリートで金持ち青年ルイス・ウィンソープ。もう一方は、サギまがいの事をやりながら生きている貧しい黒人青年ビリー・バレンタイン。そんな彼らの知らない所で、ウィンソープの会社の会長である2人組が、ある賭けを企んでいた。この2人の環境を入れ換えるとどうなるかという賭けである。そして、何にも知らない二人はお互いの環境が入れ替わってしまう。

ニューオーリンズの実業家マイケルは、愛妻エリザベスとの結婚10周年を祝うパーティーを開き、友人たちから祝福される。ところがその晩、エリザベスと娘のエイミーが何者かに誘拐され、犯人と人質の乗る車が警察の追跡を受けて逃走中、川の中へ転落。愛する妻子を失って、マイケルの運命は一気に暗転する。それから16年後、イタリアのフィレンツェを訪れた彼は、亡き妻にうり二つの女性と出会い、驚く。

家でも学校でも居場所のない高校生エヴァン・ハンセン は、ある日自分宛てに書いた手紙を同級生のコナーに持ち去られる。その後コナーは自殺し、手紙を見つけた彼の両親は、文面から息子とエヴァンが友人だったと勘違いする。彼の家族をこれ以上悲しませたくない一心で、思わずエヴァンはコナーと親友だったとうそをつく。彼らに聞かれるままに語ったありもしないコナーとの思い出は、人々を感動させSNSを通じて世界中に広がっていく。