Kenshin Himura is een legendarische zwaardvechter. Hij is gestopt met het doden door middel van het zwaard. Hij probeert een vredig leven te leiden met Kaoru Kamiya die in het dorp een zwaardvechtersschool runt. Maar de zaken veranderen als het Akabeko restaurant, waar Kenshin Himura het liefst gaat eten, wordt verwoest. Kenshin Himura vindt daar een briefje waarop geschreven staat "Junchu".
Ogami Itto, de officiele beul van het shogunaat is in de val gelokt door de Yagyu-clan. Als Ronin vecht hij nu een oorlog uit samen met zijn kleine zoontje, Daigoro.
Ogami Itto wordt ingehuurd om een getattoeërde vrouwelijke moordenaar te vermoorden. Daarnaast levert hij strijd met Retsudo, het hoofd van de Yagyu clan en zijn zoon Gunbei.
Vijf krijgers dagen Ogami uit voor een duel. Elk van hen heeft een vijfde deel van de beloning die op Ogami's hoofd staat en een vijfde deel van de informatie die hij nodig heeft voor zijn opdracht.
Ogami wordt door een vrouwelijke Yakuza ingehuurd om een corrupte gouverneur te vermoorden. Deze gouverneur wil Ogami ook inhuren voor een moord. Hij vermoedt echter dat hij zelf Ogami's doelwit is wanneer deze de opdracht weigert.
In deze laatste film van de saga zien we de laatste confrontatie tussen Ogami and Retsudo. Retsudo heeft zijn halve familie reeds verloren door toedoen van Ogami. Retsudo haalt nog een keer alles uit de kast om Ogami te vernietigen.
De samurai Genta, krijgt het bevel om zijn beste vriend te doden. Na het uitvoeren van het bevel stopt hij met het samurai zijn en ontmoet een jonge landbouwer. De landbouwer vraagt om zijn hulp en kan zijn zwaardvecht ervaringen goed gebruiken om samen met andere landbouwers te vechten tegen een groep ronin.
Ichi reist naar het dorp Itakura om zijn respect te betuigen bij het graf van Kichizo, een man die hij twee jaar geleden heeft vermoord. Wanneer er tijdens het transport naar de gouverneur wat belastinggeld wordt gestolen, wordt hij beschuldigd en gaat hij op zoek naar het geld en zijn naam te zuiveren.
In de Edo-periode accepteert een naamloze ronin een opdracht om naar een bergpas te gaan en te wachten. In de buurt van de pas stopt hij bij een herberg waar een verzameling personages zich verzamelt, waaronder een bende die erop uit is shogunaat goud te stelen dat binnenkort over de pas zal komen. Wanneer de opdracht van de Ronin duidelijk wordt, krijgt hij de opdracht om de bewoners van de herberg te vermoorden, inclusief een vrouw die hij heeft gered van een gewelddadige echtgenoot. Hij is terughoudend om onschuldige mensen te vermoorden; Dan komt hij erachter dat de goudzending een valstrik is en dat hij deel uitmaakt van een dubbel spel.
Ichi zoekt rust in een dorp dat sinds zijn vorige bezoek in handen is gekomen van Boss Masagoro, de zoon van een handelaar waarover geruchten de ronde doen dat deze goud heeft gestolen van een Shogunate.
De oude maar nog steeds ronddolende blinde masseur Zatôichi is op zoek naar rust, en hoopt die te vinden bij de vriendelijke bewoners van het dorp Edo. Als twee rivaliserende Yakuza-clans met elkaar in conflict komen, raakt Zatôichi toch weer betrokken bij het door hem zo verafschuwde geweld.