Um die Ehre des Shogun zu retten und das Land vor großem Schaden zu bewahren, gehen 13 mutige Samurai auf eine schier unmögliche Mission. Unter Führung des ehrenwerten Shinzaemon wollen sie Lord Naritsugu, den Halbbruder des Shogun, ermorden, bevor er seinen Platz im Rat einnehmen kann. Denn Naritsugu ist ein kranker Sadist, der aus purem Vergnügen foltert, verstümmelt und tötet und davon träumt, die lange Friedenszeit des japanischen Reiches endlich durch einen amüsanten Krieg zu beenden. Aber der brutale Lord umgibt sich stets mit einer zahlreichen Leibgarde. Shinzaemon arbeitet einen raffinierten Hinterhalt aus, um die Überlegenheit des Gegners zumindest zu reduzieren. Trotzdem wissen die 13 Krieger, dass sie die Mission vielleicht erfüllen, aber kaum überleben werden...

Mitte des 17. Jahrhunderts wird das japanische Reich von dem grausamen Shogun Temitsu mit eiserner Hand beherrscht. Um seine Machtposition nicht zu verlieren, ist dem skrupellosen Tyrannen jedes Mittel Recht. Selbst sein Sohn Takechiyo, der rechtmäßige Thronfolger, ist vor diesem Machthunger nicht sicher, denn Temitsu trachtet dem eigenen Fleisch und Blut nach dem Leben. Als aber der erste Mordanschlag misslingt, befiehlt der Shogun Takechiyo, sich einer lebensgefährlichen Mutprobe zu unterziehen. Obwohl er und seine Ninjas wissen, dass Temitsu ihnen damit eine Falle stellen will, lassen sie sich auf den entscheidenden Kampf um die Macht in Japan ein...

Der Samurai Manji wurde verflucht und kann seitdem nicht mehr sterben. Allerdings möchte er lieber mit seiner ermordeten kleinen Schwester Machi vereint im Jenseits sein. Geplagt von der Schuld, dass er seine Schwester nicht beschützen konnte, trifft er nach 50 Jahren auf ein junges Mädchen mit dem Namen Rin. Rin bittet den Samurai um Hilfe, denn ihre Eltern wurden von dem Schwertkämpfer Anotsu getötet. Das Mädchen erinnert Manji an seine eigene kleine Schwester, die er damals nicht retten konnte, weshalb er sich dazu entscheidet, Rin zu helfen.

Was ist das einzige was einen Warlord davon abhalten kann die Herrschaft im ganzen Land an sich zu reißen? Richtgi, Ninjas! Als Ninja Mumon einen anderen Ninja tötet, um ein Kopfgeld zu bekommen führt das zu einer Verkettung von Umständen zu denen auch einrückende Armeen und eine Gruppe Superninjas zählen...