西暦2029年。他人の電脳をゴーストハックして人形のように操る国際手配中の凄腕ハッカー、通称「人形使い」が入国したとの情報を受け、公安9課は捜査を開始するが、人形使い本人の正体はつかむことが出来ない。 そんな中、政府御用達である義体メーカー「メガテク・ボディ社」の製造ラインが突如稼動し、女性型の義体を一体作りだした。義体はひとりでに動き出して逃走するが、交通事故に遭い公安9課に運び込まれる。調べてみると、生身の脳が入っていないはずの義体の補助電脳にはゴーストのようなものが宿っていた。

映画「イノセンス」の舞台は、人々が電脳化され、声を出さずとも、コンピューター端末を打たなくとも、ネットワークを通じたデジタルコミュニケーションが可能になる一方、肉体の機械化も進み、人とサイボーグ、ロボットが共存する、2032年の世界。魂が希薄になった時代。決してそう遠くない近未来を舞台に物語の幕が開く。 主人公は、続発するテロ犯罪を取り締まる政府直属の機関・公安9課の刑事バトー。バトーは生きた人形（サイボーグ）である。腕も脚も、その身体のすべてが造り物。残されているのはわずかな脳と、一人の女性、素子（もとこ）の記憶だけ。 ある日、少女型のロボットが暴走を起こし、所有者を惨殺する事件が発生。「人間のために作られたはずのロボットがなぜ、人間を襲ったのか」。さっそくバトーは、相棒のトグサと共に捜査に向かう。電脳ネットワークを駆使して、自分の「脳」を攻撃する“謎のハッカー”の妨害に苦しみながら、バトーは事件の真相に近づいていく。

世界大戦後、国家や情報網が破壊し尽くされ廃墟となったニューヨーク。 元・SWATのデュナンと、彼女の恋人で全身サイボーグのブリアレオスは不本意ながらギャングから依頼された仕事をこなして日々の糧を得ていた。 街を出たいと思いながらも叶えられない日々が続く中、自動兵器に襲われている男女を助けたデュナンとブリアレオス。 アイリスとオルソンと名乗るこの二人との出会いはやがて、人類の希望を守るための戦いへと二人の運命を導いていく。

世界大戦後の廃墟で生き延びていた女性兵士デュナンは、人類への奉仕者として肉体・感情を制御されたクローン人間バイオロイドの管理する理想都市オリュンポスに連行され、そこで全身サイボーグ化していた恋人ブリアレオスと再会する。彼の所属する元老院ESWATの一員となったデュナンは、やがてバイオロイドの開発とオリュンポス計画に自分の両親が関わっていた事実を知り、自身もバイオロイドの軛を解き放つ鍵「アップルシード」をめぐる陰謀に巻き込まれていく。

21世紀、バイオテクノロジーとロボット産業の急速な発展により人類の寿命は飛躍的に延び、日本は世界の市場を独占し大きくリードした。しかし、同時に様々な危険性も浮かび上がったため、国際連合はこれらの技術に対して厳格な規制をかけようと動き出す。しかし日本はそれに従うことなく、2067年にハイテク技術を駆使し鎖国状態に突入。外国人は日本に入国できなくなり、その情勢を外から窺い知ることはできなくなった。

各国の軍事衛星をオリュンポスの管理下に置く事を議題とした国際会議の開催を控え、デュナン達ESWATはテロリストの鎮圧に従事していたが任務中に彼女を庇ったブリアレオスが負傷した。傷心のデュナンの前に、新たなパートナーとしてブリアレオスの遺伝子から創られた生身の彼と同じ顔の戦闘用バイオロイド・テレウスが現れる。やがて国際会議の開催中に、ウェアラブル・インターフェイスの着用者が突然正気を失い破壊活動を行う事件が頻発する。しかしそれは、さらなる大規模なサイバーテロの予兆に過ぎなかった。

凶悪な宇宙犯罪人ゼイラムを追って地球に来訪したバウンティハンター・イリア。彼女はゼイラムを捕らえるべく結界を張るが、そこに二人の地球人が閉じ込められてしまう。イリアは二人をかばいつつ、ゼイラムとの死闘を開始する。そしてからくも二人を脱出させるが、自らの作り出した亜空間消滅の刻限は間近に迫りつつあった。雨宮慶太が自らの原作を監督した劇場デビュー作。

工場で働く孤独な青年・ヨウジ。彼の楽しみは、向かいの工場で働くサチコの姿を盗み見ることくらいしかない。ある晩、彼は上司に絡まれていたサチコを助ける。これをきっかけに、2人は互いに自分の気持ちを告白。だがその時、何かがサチコに襲いかかった。