舞台は、関東のとある港町―。孤独な生活を送る高校生・丹童子アルマの前に、執事とメイドを引き連れた「藍羽財団」CEOを名乗る少女、藍羽ルリが現れる。強力な力を持つ石の魔物「悪石」に立ち向かえるのは、アルマが持つ「セイクリッドセブン」の力のみ。 アルマ一人では制御できなかったセイクリッドセブンの力を、ルリは自身が持つ力で解放させ、アルマの真の姿「セイクリッドアルマ・リベレイター」を発現させる！お互いの意思を交わしたアルマとルリは、次々と巻き起こる事件の中で巨大な陰謀に巻き込まれていく…。そんな中、突如二人の前に現れた謎の男。それは、もう一人のセイクリッドテイカー・輝島ナイトであった！

2071年、火星。高速道路でタンクローリーが爆発事故を起こし、タンクから漏れだした物質で500人以上が死傷する大惨事となる。正体不明のバイオ兵器を使用したテロの可能性があることから、火星政府は犯人に史上最高の懸賞金をかけると発表。貧困に喘ぐビバップ号クルーたちが眼の色を変えたのは当然だった……。

1943年、第二次世界大戦真只中のアメリカ。プロ野球選手たちも次々と戦場へ駆り出され、大リーグの運営は危機を迎えていた。オレゴンの片田舎に住むソフトボール・リーグ選手、ドティ・ヒンソンとキット・ケラーの姉妹のところへ、ある日プロ野球のスカウトマンが訪ねてきて、近く発足する全米女子プロ野球リーグに参加しないかと誘う。

“黄金の右”と呼ばれるサッカー選手ファンは、チームメイトのハンが持ちかけた八百長試合に荷担したことがきっかけで自慢の脚を折られてしまった。夢半ばで諦めざるを得なかったファン。それから20年、ファンは、いまやサッカー界の首領として君臨するハンの雑用係にまで落ちぶれていた。そんなある日、ファンは街で不思議な青年シンと出会う。少林拳を信奉する彼は、くず拾いをしながら道行く人に少林拳を説いて回っていた。ファンはふとしたことからシンの超人的な脚力を見抜き、自らがなし得なかった夢をシンに託すべく、彼にサッカーを教え込むのだった。

美しい高原の街「グリーンフィールド」に住む少女ミーはアンノーンの研究をしている父親のシュリーと共に暮らしていた。ある日、遺跡の調査をしていたシュリーがアンノーンの空間に閉じ込められてしまい、行方不明となった。父親が残した奇妙なカードをミーが並び替えた時、「アンノーン」達が出現し、彼女の感情を感じ取り、エンテイを生み出した。声や雰囲気から父親がエンテイになって帰ってきたと思い、ミーは喜んだ。 一方、サトシたちも旅の途中でトレーナーのリンとのポケモンバトルを繰り広げ、ジョウト地方で女性が行きたい場所No.1の「グリーンフィールド」を訪れていた。突如グリーンフィールドがクリスタルで囲まれたことに困惑するサトシ達。シェリーや娘のミーが気掛かりになったオーキド博士とハナコも現場に向かい、サトシと再会した。その様子を見ていたミーは自分もママが欲しいとエンテイに願うと彼女の願いを叶えるため、ハナコを連れ去ってしまう。グリーンフィールドの結晶化が進む中、ミーはサトシ達に両親が帰ってきたから来ないようにメールが来る。それに疑問に思う一同であったがサトシはハナコを救うため、カスミやピカチュウ達と共にグリーンフィールドの中心に出来た結晶塔へ向かう。

バトルシティでの戦いを経て三枚の「神のカード」を入手した武藤遊戯。ライバルの海馬瀬人は彼を打ち倒すべく、デュエルモンスターズの創始者ペガサス・J・クロフォードのもとを訪れ、「神のカード」を打ち破る強力な二枚のカードを手に入れる。再び遊戯に挑む海馬であったが、そのデュエルの裏には千年パズルと対をなす8つ目の千年アイテム「光のピラミッド」を所有したアヌビスの邪悪なる陰謀が隠されていた。

イタリアのジェノバにあるサン・ジョルジョ宮殿で、マルコ・ポーロの書いた旅行記『東方見聞録』の幻の一ページ・アナザーページが発見された。そのアナザーページには、マルコ・ポーロが遺した財宝の在り処が記されているという。いつものように不二子にお願いされてアナザーページを盗むことになったルパンは、難なくサン・ジョルジョ宮殿に侵入するが、そこでルパンは、アナザーページを発見したテオ・アルジェント教授が何者かに殺される瞬間を目の当たりにする。アナザーページを手にサン・ジョルジョ宮殿を脱出するルパンに黒服の集団が襲いかかるが、彼らは突然炎に包まれ消えてしまった。

西暦二〇二二年。神経細胞を模した極微細無線通信装置「ナーヴセラー・リンカー・ナノマシン(NLN)」が完成。NLNにより、意識とネットワークをシームレスにリンクさせることを可能にした。 だが、人と機械の垣根を崩すその技術は、数万もの人の意識をネットワークの彼方へと喪わせる災厄「アーリー・ラプチャー」を引き起こし――。

優勝してオーナーも変わったインディアンズ。だが成功に酔ったメンバーは制御を失ない、チームは再び最下位に。苦肉の策として日本人選手を獲得するが……。大ヒット・スポーツ・コメディの続編。