FBI特別捜査官チェット・デズモンドは町のウエートレス、テレサ・バンクスの殺害事件を調査中に謎の失踪を遂げる。それから1年後、町全体に巣くった邪悪な者達は学園の女王であるローラ・パーマーを標的にし始めていた。時を同じくして、テレサ・バンクス殺害事件の捜査を引き継いだ特別捜査官デイル・クーパーは、彼に備わった特別な才能、鋭い第六感を生かして深い謎を解明しようと決意するのだった。

近未来。郊外に住むマーティン家は家事用ロボット、NDR114号を購入した。アンドリューと名付けられた彼は、幼いリトル・ミスと友達になり、彼女から人間について学んだ。やがてリトル・ミスは成長し、結婚して子供も生まれたが、アンドリューとの交流は続いていた。いつしか人間のようになりたいと願うようになっていたアンドリューは自由を求めて旅に出た。そして、友人となった発明家のルパートからロボットが人間に近づける可能性を知った。かくしてアンドリューは大切な人となっていたリトル・ミスの孫娘ポーシャと同じように生きたいという切ない想いから、人間になる決心をするのだった。

イギリス。バクスター夫妻は、突如として愛娘クリスティン（シャロン・ウィリアムズ）を水難事故で失ってしまう。 数ヶ月後、ジョン（ドナルド・サザーランド）は妻ローラ（ジュリー・クリスティ）を連れ、教会修復の仕事でイタリアのベニス（ヴェネツィア）へと赴いていた。ある日、夫妻は年老いた姉妹と邂逅する。姉ウェンディ（クレリア・マタニア）曰く、盲目の妹ヘザー（ヒラリー・メイソン）には霊感があり、赤いレインコートを着た亡き娘さんの姿が視えるというのだ。その後、姉妹と再会したローラは、亡き娘の言葉を借りたヘザーから「ベニスを去らなければ、ジョンの身に危険が降りかかる」と忠告される。ジョンはその警告に取り合わず、ローラは不安になるのだった。

1966年、秋。ベトナム戦争最中の、日本の中のアメリカ——米空軍・横田基地。ファントムF4戦闘機があわただしくスクランブル発進する基地周辺を殺伐とした空気が包む中、街では不審な自殺が相次いでいた。 地下鉄・銀座線、浅草行最終列車。殺風景な車両にたたずむひとりの少女。大人をも射すくめる強い眼差しと、堅く結ばれた唇が秘めた意志を物語る──彼女の名は小夜（SAYA）。人間社会に身を潜めた吸血鬼＜翼手＞を倒すため、「組織」が送り込んだ救世主。セーラー服に身を包んだ小夜は、日本刀を武器に基地内のアメリカンスクールに潜入したが……。

第二次世界大戦の退役軍人であるビリー・ピルグリムは、不思議なことに時間から切り離され、幼少時代から遠い惑星トラルファマドールでの特異な生活まで、否応なしに旅することができる。

遺伝子工学者ブルース・バナーは、実験装置の事故で大量のガンマ線を浴びてしまう。命に別状はなかったが、以来、彼は何度も強い怒りに我を忘れそうになり、ついにその怒りがピークに達した時、彼は怪力を持つ巨人ハルクに変貌する。その後もブルースは何度もハルクに変身するが、我に返ると自分が引き起こした惨事に苦悩する。実は元をたどれば同じく遺伝子工学者だった彼の父デヴィッド・バナー博士の研究に端を発していた。

貴重なエネルギー源を狙う宇宙人の攻撃から人類を守るため、上海で戦う若き隊員。司令官である上司へ恋心を抱きつつ、彼もまた、司令官へと昇進し決死の戦いに挑む。