Na 57 jaar hyperslaap wordt Ripley toevallig opgepikt door een ruimteschip. Ze krijgt tijd om zich te ontspannen en hoopt dat de nachtmerrie met het levensgevaarlijke buitenaardse monster eindelijk voorbij is. Helaas heeft een kolonie terraformers op de planeet LV-426 het ruimteschip ontdekt waar de Alien vandaan kwam.

Matthew Bennell die in San Francisco woont krijgt steeds meer klachten van zijn vrienden over hun eigen families die veranderd lijken te zijn. Als Matthew er een tijdje later weer naar vraagt blijken zijn vrienden zich niets te herinneren van hun klachten.

In het midden van de 21e eeuw heeft de mens een nieuw type computer ontwikkeld, dat zich bewust is van zijn eigen bestaan. Deze vorm van kunstmatige intelligentie wordt onder andere gebruikt in robots. Eén van deze robots, een jongen, hoopt een echt mens te worden, om zo de liefde van zijn pleegmoeder terug te winnen.

Nadat een meteoriet een driekoppig beest op Tokio heeft losgelaten, probeert Mothra zich te verenigen met Godzilla en Rodan om de buitenaardse dreiging te bestrijden.

In de 21e eeuw wordt er eindelijk vrede op Aarde bereikt. Een aanval van de buitenaardse Dracs zorgt er echter voor dat de strijd verder gaat in de ruimte. Door een ongeluk komt een Aardse piloot op een vijandige planeet, waar hij gevangen wordt genomen door een Drac.

Twee jongens willen graag bij een studentenvereniging om zo dichter bij een mooie meid te kunnen komen. Als ontgroening moeten ze een lijk voor het huis van een andere studentenvereniging neer leggen. In het ziekenhuis komen ze echter toevallig in een kamer waar een lichaam ingevroren is. Omdat ze denken dat deze dood is besluiten ze deze maar mee te nemen maar als ze hem ontdooien blijkt hij niet zo dood te zijn. Ook blijkt hij besmet te zijn met een virus door een experiment uit de jaren vijftig.

Whizzkid Alex Rogan leeft in een caravanpark. Hij verslaat het Starfighter videospel tot het applaus van iedereen. Hierdoor trekt hij de aandacht van Centauri die hem voorstelt zijn kunsten met het videospel te gebruiken in een gevecht om het heelal te redden van een invasie.

Ze zijn een stuk bos aan het kappen als één van hen, Travis Walton, wordt ontvoerd door een UFO. Ze hebben grote moeite de autoriteiten van hun oprechtheid te overtuigen. Pas vijf dagen later wordt Travis weer gevonden; naakt en volledig in de war.

Wanneer Susan Murphy uit Californië geraakt wordt door een meteoor, groeit ze vijftien meter en wordt ze meteen bestempeld als 'monster', genaamd Ginormica. Het leger neemt haar gevangen in een geheim kamp. Hier blijken door de jaren heen meer monsters vastgehouden te worden. Ginormica maakt kennis met de briljante dokter Cockroach, halfaap-halfvis The Missing Link, de glibberige en onverwoestbare B.O.B., en een gigantische rups die Insectosaurus wordt genoemd.

John Person is een onsuccesvol acteur met torenhoge schulden. Een bemoeizuchtige buurman biedt hem een deal aan: Hij moet een blauw koffertje bezorgen aan een mysterieuze man, ergens in de woestijn, en zijn schuldeisers zullen als sneeuw voor de zon verdwijnen. Hij accepteert de opdracht met als gevolg dat hij in een andere wereld terecht komt.

De strijd tussen de Alien en de Predator gaat verder. Dit keer vechten de twee monsters van een andere planeet het gevecht onverwacht uit in Colorado. De inwoners van de stad moeten zich vervolgens wapenen tegen dit geweld en tegelijkertijd ook proberen voor eens en voor altijd een einde aan het terreur van de buitenaardse wezens te maken.