De film gaat verder waar Evangelion 1.0 stopte: de paramilitaire organisatie NERV verdedigt de wereld tegen de terugkeer van de Angels, maar de voortdurende oorlog begint zijn tol te heffen. Shinji Ikari's relatief plezierige leventje krijgt een wending als een nieuwe groep Evangelion pilots, waarbij de roodharige Asuka Langley Shikinami, hem en Rei Ayanami komen bijstaan.
Twee mensen vinden zichzelf per ongeluk op een andere planeet, nadat ze op een knop op een vreemd apparaat in de handen van een alien gedrukt hebben. Planeet Plyuk in het sterrenstelsel Kin-Dza-Dza ziet er uit als een woestijn.
Vroeger waren vampieren de koningen van de nacht, maar nu duizenden jaren later, moeten ze langzaam aan toekijken hoe bounty hunters hun ras uitroeien. D is zo'n bounty hunter, hij is een halfbloed van een menselijke vrouw en van een vampiere vader.
Een man en zijn zoontje doorkruisen een verwoest Amerikaans landschap, bedekt met de as van een vergane wereld. De man kan zich de tijd ervoor nog herinneren, het jongetje kent alleen dit dode landschap. Het enige dat hen rest is te overleven en zich vast te houden aan de kostbare brokstukken van hun eigen menselijkheid.
Een groep mensen stopt ergens in het zuiden, om wat te eten in een truckers restaurant. Ze komen er echter al snel achter dat ze hier geen tijd hebben om gewoon wat te eten, maar dat ze moeten vechten voor hun leven en zichzelf moeten verdedigen tegen engelen, gestuurd door God om de mensheid uit te roeien.
Londen, drie jaar na een atoomoorlog. De jonge Penelope woont samen met haar ouders in een metrowagon. Tijdens één van haar tochtjes buiten de deur ontmoet ze Allan. De twee worden verliefd en besluiten zich te laten trouwen door de onderwaterdominee. Niet lang daarna wordt Penelope zwanger en ze ziet de toekomst zowaar rooskleurig tegemoet.
Na een allesverwoestende oorlog en ontelbare nucleaire explosies is het menselijk ras vrijwel uitgestorven. Verroeste robots en menselijke skeletten ontsieren het landschap van de verwoeste planeet, die voornamelijk nog bevolkt wordt door cyborgs: super-intelligente, bijna menselijke oorlogsmachines. Omega, ook een cyborg, komt naar het verwoeste New York en vindt daar twee groepen: de Roms en de Droids, beiden zijn op zoek naar wapens om elkaar en de weinig overgebleven mensen te vernietigen. Omega is geprogrammeerd om hen daar, desnoods met geweld, van te weerhouden.
Uit de immens populaire stripserie FIST OF THE NORTH STAR komt een nieuwe held. Het lot van de mensheid ligt bij de bovenmenselijke krijger Kenshiro die door de woestenij van de toekomst zwerft en strijd voert tegen het overweldigende kwaad. Onder de spirituele begeleiding van zijn overleden vader vecht Kenshiro om zijn gestolen liefde te bevrijden van de meedogenloze tiran Lord Shin. Door zijn strijd moet hij zijn lot onder ogen zien.
De nabije toekomst. Een overval loopt compleet uit de hand. De overvallers, die erin slaagden een zeer krachtig wapen te stelen, proberen zich wanhopig een weg te banen door een dichtbegroeid landschap.