1988年、アメリカ・マサチューセッツ州ミドルセックス。ある晩、高校生ドニー・ダーコの前に銀色のウサギが現われる。ドニーはウサギに導かれるようにフラフラと家を出ていく。そして、ウサギから世界の終わりを告げられた。あと28日6時間42分12秒。翌朝、ドニーはゴルフ場で目を覚ます。腕には「28.06.42.12」の文字。帰宅してみるとそこには、ジェット機のエンジンが落下していてドニーの部屋を直撃していた。何がなんだか分からないながら九死に一生を得たドニー。その日から彼の周囲では、不可解な出来事が次々と起こり始めた。

高校生ケイシーとその恋人がマスクをかぶった者によって惨殺されるという事件が起こる。やがて犯人は、ケイシーのクラスメイトで、1年前に母親を殺されていたシドニーに迫る。町には外出禁止令が敷かれ、学生たちは大はしゃぎするが、そんな中を殺人鬼が徘徊。はたしてその正体は？

ローズとクリストファーは、娘・シャロンの奇妙な言動に悩んでいた。ローズは、しばしば情緒不安定に陥り、何かに取り憑かれたかのように「サイレントヒル…」と謎のうめき声を発する娘に心を痛め、サイレントヒルという街が実在することを知り、治療のためにシャロンを連れてそこを訪ねることにする。しかし、サイレントヒルは30年前の大火によって多数の人々が死亡した忌まわしい場所であり、今では誰も近付かない廃墟と化した街であった。途中、女児誘拐犯と勘違いされて女性警官に追われるものの、二人とも帰り道が突如切れ無くなった街に取り残され、シャロンも後部座席から消えており、捜索、他の住人への聞き取りなど進めていくが不思議な現象に巻き込まれてゆく。

クリスマス・イヴの夜。ハリントン一家は、毎年恒例のクリスマス・パーティに出席するため、おばあちゃんの家へと向かっていた。２０年以上も同じ道を通ってきたフランクだったが、この日彼は、なんとも魅惑的な近道を発見し、ひとけのないその道に車を進めた。ところが、どうしたことか行けども行けども目的地にたどり着かず、道はどんどん暗く薄気味悪くなっていった。やがて一家は、赤ん坊を抱え道端にたたずむ白いドレスの女と遭遇する。それを境に、一家の不吉な予感はいよいよ現実のものとなっていく。

能をテーマにした取材の為、吉野の天河神社を訪れた紀行ライターの浅見光彦は、変死体で発見された能の宗家・水上流長老の殺人容疑で逮捕される。すぐに容疑が晴れ釈放された光彦はその後、水上流後継者をめぐる殺人事件に関わってゆく。