両親と共に引越し先の新しい家へ向かう10歳の少女、千尋。しかし彼女はこれから始まる新しい生活に大きな不安を感じていた。やがて千尋たちの乗る車はいつの間にか“不思議の町”へと迷い込んでしまう。その奇妙な町の珍しさにつられ、どんどん足を踏み入れていく両親。が、彼らは“不思議の町”の掟を破ったために豚にされてしまう。

山里に住む若者アシタカは、怒りと憎しみにより“タタリ神”と化した猪神から呪いをかけられてしまう。呪いを解く術を求めて旅に出るアシタカはやがて、西方の地で“タタラ”の村にたどり着く。エボシ御前が率いるその村では、鉄を造り続けていたが、同時にそれは神々の住む森を破壊することでもあった。そして、そんなタタラ達に戦いを挑むサンの存在をアシタカは知る。人の子でありながら山犬に育てられた彼女は“もののけ姫”と呼ばれていた。

1988年、関東地区に新型爆弾が使用され、第3次世界大戦が勃発した――。2019年、ネオ東京。金田をリーダーとするバイクの一団は進入禁止の高速道を疾走していた。しかし、先頭にいた島鉄雄は突然視界に入った奇妙な小男をよけきれずに転倒、負傷する。小男と鉄雄は直ちに現れたアーミーのヘリに収容され飛び去ってしまった。翌日、鉄雄を捜す金田は、少女ケイと出会う。彼女は反政府ゲリラの一員で“アキラ”という存在を追っていた。その頃、鉄雄はアーミーのラボで強力なクスリを連続投与され、不思議な力を覚醒し始めていた…。

イッシュ地方を手中に収めるべく暗躍していた組織「プラズマ団」。今ではサトシとNらの活躍で壊滅してしまった彼らは過去に絶滅したポケモンを現世に蘇らせていた。それが3億年前までに生息していたといわれる古代のポケモン「ゲノセクト」だった。化石から復元させられた5体のゲノセクトは背中に砲台を取り付けられた。だが5体は人間への憎しみを芽生えさせプラズマ団から逃げ出してしまう。そして現在。ゲノセクト達は元々いた住処へと帰ってきたが、そこは既に変わり果てていた。そこへ人間がミュウの遺伝子を使って生み出したポケモン「ミュウツー」が現れる。ゲノセクトの声を感じてやって来たミュウツーは彼らの心を読み、自分と同じ境遇を持つゲノセクトを救おうとする。しかし、赤い体色のゲノセクトがそれを拒否すると仲間を従わせ、ミュウツーを攻撃。そのまま去ってしまう。

ギターが大好きな孤独な少女“ぼっちちゃん”こと後藤ひとりは、伊地知虹夏が率いる結束バンドに加入する。人前で演奏することに不慣れだが練習に励む後藤は、仲間にギター練習を見てもらう。文化祭ライブでの演奏に向けて、彼女たちはひたむきに練習を続ける。