Tijdens een noodlottige zomer moet een groep basisschoolkinderen, die op drift zijn geraakt in een verlaten flatgebouw, in zichzelf kijken om een weg terug naar huis te vinden.
Ergens in Tokio bevindt zich een kamer. In deze kamer bevindt zich een zwarte bol. Zo nu en dan worden er personen, die eigenlijk hadden moeten sterven, naar deze kamer gebracht. De bol geeft hen speciale uitrusting en wapens met de opdracht om alle aliens op aarde te vermoorden.
Julie, een actrice, wil dat Mouri Kogoro haar helpt om tijdens een van haar optredens een belangrijke sieraad te beschermen omdat Kaitou Kid heeft laten weten deze te willen stelen. Dankzij Kogoro lukt het Kid niet om het sieraad te stelen. Als bedankje nodigt Julie iedereen uit om mee te gaan naar Hakodate. In het vliegtuig onderweg naar Hakodate wordt Julie vergiftigd. Kogoro en zijn team proberen dit misdrijf in de lucht op te lossen.
De kwaadaardige Dr. Kochin gebruikt de drakenballen om zijn mentor, Dr. Wheelo, weer tot leven te wekken in een poging de wereld over te nemen. Dr. Wheelo, wiens lichaam is vernietigd door de lawine die hem vijftig jaar eerder heeft gedood, verlangt naar het lichaam van de sterkste jager ter wereld als zijn nieuwe schip. Dr. Kochin gelooft dat Roshi de sterkste krijger ter wereld is, ontvoert Bulma en dwingt Roshi zich over te geven om haar te redden. Als Goku hoort van hun ontvoering, schiet hij hen te hulp.
De geoefende zwaardvechter Yuri Lowell is nog maar pas tot het keizerlijke leger toegetreden, om als ridder zijn brood te verdienen. Kort daarop ontmoet hij een oude bekende, Flynn Scifo, met wie hij echter steeds in ruzie valt. Als hun stad Shizontania door boosaardige wezens bedreigd wordt, besluiten de twee samen met de tweelingen Hisuka en Shastere onder het commando van kolonel Nylen de oorzaak van deze gebeurtenis te onderzoeken. Welke geheimzinnige kracht steekt echter achter de verandering van het magische element „Aer“, dat de mensen ooit zoveel welzijn heeft gebracht? Hun spoor voert hen naar een verlaten burchtruïne, waar ze de antwoorden op al hun vragen moeten vinden.
Joker is een cyborg die superieure kracht heeft, het DNA van een persoon door aanraking kan absorberen en zijn lichaam of een deel ervan naar believen opnieuw kan laten aangroeien (vandaar dat Joker een man of een vrouw kan zijn). Joker behoort tot een speciale troep wetshandhavers: als politieagent, rechter en beul tegelijk. Samen met zijn/haar geliefde, een politieagent, hebben ze te maken gehad met criminelen van elk type.