ザフトに復帰したアスランは、FAITH(フェイス)としてミネルバに乗艦した。黒海沿岸でつかの間の休息をとっている中、シンはステラと偶然出会う。一方、アスランもミリアリアの助力で、キラやカガリと再会を果たすが…。PHASE-14〜28までで構成された「SEED DESTINY」再編集の第2弾！

C.E.73。プラント「アーモリーワン」で、オーブの代表首長となったカガリとプラント最高評議会議長デュランダルとの極秘会談が行われようとしていた。そんな時、ザフトの新型ガンダム3機が、特殊部隊に強奪されてしまい…。PHASE-01〜13までで構成された「SEED DESTINY」再編集の第1弾！

ついにデュランダルがデスティニープランを発令した。キラとラクス、アスランら志を同じくする者達は決戦の地、宇宙へと向かう。そこで待ち受けるシンとレイ。人類の行く末と希望という名の未来をかけた戦いの結末は…!? PHASE-43〜50までで構成された「SEED DESTINY」再編集の完結編！

クレタ沖でのオーブ・地球連合の同盟軍との激戦を終えたミネルバ。己の無力に苛立つシンはステラを救うため、彼女を連れて艦を飛び出した。そして、ネオにステラを預け、別れるシン。だが、ステラは再び戦場に駆り出されてしまい…。PHASE-29〜42までで構成された「SEED DESTINY」再編集の第3弾！