2019年、酸性雨が降りしきり、昼なお暗いロサンゼルス。かつて逃亡した人造人間「レプリカント」を処分することが任務の特捜刑事「ブレードランナー」であったデッカードは、引退していたが強引に復職させられ、殺人を犯して逃亡する4体のレプリカントを追う任務に就くことになる。ネクサス6という最新型である彼らは、一見しただけでは普通の人間と区別がつかない。デッカードはネクサス6型を製造するタイレル社へ行き、社長秘書レイチェルに対して警察のレプリカント識別テストを試してみる。

1988年、関東地区に新型爆弾が使用され、第3次世界大戦が勃発した――。2019年、ネオ東京。金田をリーダーとするバイクの一団は進入禁止の高速道を疾走していた。しかし、先頭にいた島鉄雄は突然視界に入った奇妙な小男をよけきれずに転倒、負傷する。小男と鉄雄は直ちに現れたアーミーのヘリに収容され飛び去ってしまった。翌日、鉄雄を捜す金田は、少女ケイと出会う。彼女は反政府ゲリラの一員で“アキラ”という存在を追っていた。その頃、鉄雄はアーミーのラボで強力なクスリを連続投与され、不思議な力を覚醒し始めていた…。

1914年、ナイル河畔の地下の神殿で見つかった古代文字は火・水・土・風以外の“第5の要素”があると示す。2214年、ニューヨーク。久しぶりに地球を訪れたモンドシャワン人の宇宙船は、武器商人ゾーグとその手下マンガロワ人に撃墜される。宇宙船にあった細胞を再生すると、地球の言語が分からない美少女が生まれ、町に逃げ出す。彼女、リールーはタクシー運転手コーベンに救われ、彼女の言葉が分かる神父のもとへ向かう。

空中都市ザレムが全てを支配する世界。地に残されたわずかな人類はザレム直下に吐きだれるゴミ溜めの周囲に寄り添い、なんとか生き延びていた。サイバネ医師であり賞金稼ぎでもあるイド・ダイスケはスクラップの中から少女の頭部を見つけ再生させる。少女は記憶を失っていたものの失われた古武術・機甲術をその身に宿していた。自身のルーツ、生きる意味…人生の問いを追い求め、少女は賞金稼ぎとなり、戦いの日々を送るが…！?