ある日の昼下がり。静かな川辺の野原で、アリスは姉と一緒に歴史の本を読んでいたが、すっかり退屈していた。その時、アリスはチョッキを着ている白うさぎが大きな懐中時計を持って走り去るのを見て、必死で白うさぎを追いかけた。彼女は白うさぎを追ううちに大きなトンネルまで入ったが、その先にあった大きな穴に落ちた。一番下まで落ちると、白うさぎが走っているのを見つけて、アリスは追いかけ、奇妙な空間の部屋にたどり着く。

人類初の有人火星探査となる宇宙船カプリコン1号が打ち上げられることになった。しかしその打ち上げ数分前、三人の乗組員のブルーベイカー、ウィリス、ウォーカーは管制スタッフや見物客などに見つからぬように船内から連れ出され、砂漠の真ん中にある無人の古い基地へと連れていかれる。ロケットが無人のまま打ち上げられているとき、三人には本計画の責任者であるケラウェイ博士から、事情の説明と新たな指令がくだされる。

ダニーは兄のウォルターにかまってほしいためにボールを投げてふざけていると手もとが狂いボールがウォルターの顔に当たってしまう。怒ったウォルターはダニーを地下室に閉じ込めてしまうが、ダニーはそこで「ザスーラ」というボード・ゲームを見つける。

惑星LV-426のエイリアン殲滅後、生き残った者達は冷凍睡眠につき、宇宙船スラコ号で地球に向かっていたが謎の事故を起こす。スラコ号から切り離された脱出艇はフィオリーナ161（通称フューリー）で回収されたが、ヒックスやニュートは着陸の際に死亡、ビショップも機能を停止していた。この漂着先は流刑の星で凶悪な囚人達が戒律の元で自活的な生活をおくり、放射性廃棄物を収める鉛のコンテナを作る作業をしていた。唯一の女性であるリプリーの出現で惑星の秩序は一時乱れるが囚人頭であるディロンが事態を収拾する。そんな時、脱出艇に潜んでいたエイリアンが活動を始める。