Sonatine speelt zich af in de wereld van Yakuza, de Japanse onderwereld. Hier heeft Murakawa de reputatie een van de hardste en gewelddadigste gangsters van Tokio te zijn. Hij wil gepast afscheid nemen met een laatste eervolle opdracht.

Harry Kilmer keert terug naar Japan nadat hij enkele jaren geleden de orders had om George zijn gekidnapte dochter te redden. Bij die gevaarlijke reddingsactie kwam hij bij de verkeerde kant van de Yakuza terecht, namelijk de Japanse maffia.

Wanneer een belangrijke gangsterbaas wordt vermoord, krijgt diens sadistische rechterhand Kakihara opdracht de dader op te sporen. Door getuigen aan vreselijke martelingen te onderwerpen, ontdekt Kakihara dat zijn baas werd vermoord door Ichi, een geheimzinnige jongeman die zijn tegenstanders met vlijmscherpe messen in zijn laarzen aan reepjes snijdt.

Als de beeldschone Emu getuige is van een bloedige aanslag op een lid van de Chinese maffia, stelt de dader (de Freeman) zich aan haar voor. Zoals de traditie bepaalt zal zij moeten sterven door zijn hand. Maar als de twee opnieuw oog in oog staan, krijgt de Freeman het niet over zijn hart om haar van het leven te beroven. De triade waar hij voor werkt beschouwt deze actie als verraad en zweert wraak.

Ichiro Kataki, een gewelddadig bendelid van de Yakuza reist naar Melbourne, Australië nadat zijn geliefde zus Yuko op brute wijze is vermoord door een groep criminelen. Vol wraakzucht besluit hij samen te werken met Cassidy Arizona, een dame van de nacht met haar eigen strijd.

Drie rockende motorfietsers trekken verkrachtend en moordend door het Amerikaanse achterland. Tot zij op een man botsen die moedig genoeg is om zich te wreken op de aanval op zijn vrouw. Deze man stuit weer op een vrouw die door de bende voor dood is achtergelaten, en zij moet tegen haar zin met hem mee op zijn wraaktocht...

Een jonge man genaamd Tatsumi Karasawa duikt plotseling op in de criminele wereld van Shinjuku, Tokio, en wordt de leider van een groep amateurs die geen enkele aarzeling tonen om zowel de politie als bendes onder ogen te zien. Zijn successen in de underground van Tokio zorgen ervoor dat een chef en een yakuza-baas een samenzwering beramen om hem te elimineren.