桐生戦兎が創造した新世界では、人体実験を受けた者にだけ旧世界の記憶がよみがえり、記憶がよみがえった者の中から、新世界を「科学の力＝兵器」によって支配しようと企む者がテロリスト集団「ダウンフォール」が生まれる。ダウンフォールの魔の手は戦兎や万丈龍我、そして一海にもおよび、一海が愛する美空が人質にとられてしまう。美空を救うため、一海と彼を支える三羽カラスは反撃を開始するが……。

1941年、ナチスに侵攻されたセルビア。パルチザンのマルコ（ミキ・マノイロヴィッチ）は地下室に弟のイヴァン（スラヴコ・スティマチ）や仲間のクロ（ラザル・リストフスキー）らをかくまい、武器を製造させることにする。英雄となったマルコは地下生活を続ける仲間たちには第2次世界大戦が続いていると思い込ませる一方、新政府の重要人物としてのし上がっていくが……。

日本が津軽海峡を挟んで分割占領された戦後世界。 1996年、北海道は「ユニオン」に占領され、「蝦夷」と名前を変えていた。「ユニオンの塔」と呼ばれる塔を建設し、その存在はアメリカとユニオンの間に軍事的緊張をもたらしていた。青森に住む中学３年生の藤沢浩紀と白川拓也は、飛行機を自力で組立て、そこまで飛ぶことを夢見ていた。また２人は同級生の沢渡佐由理に恋心を抱いており、いつの日にか自分たちの飛行機で、佐由理を塔まで連れて行くことを約束する。しかし、佐由理は何の連絡も無いまま姿を消し、浩紀は東京、拓也は地元の高校へ進学し、彼女が消えた喪失感を埋め合わせるように日々を送る生活が続いた。

コピーショップで働き退屈な毎日を送るジェリー。一卵性双生児の兄の葬儀からアパートに帰ったジェリーの携帯が鳴った。「30秒でFBIが到着する。今すぐ逃げなさい」。シングルマザーのレイチェルはひとり息子を楽団の演奏旅行に送り出した後、同じ女からの着信を受ける。まったく面識のないこの2人に共通するのは、見知らぬ女性からの電話。その声に従い引き合わされた二人は、FBIからも追われる身となる。

スペインでのバカンス中に無差別テロによって恋人を失った青年が、復讐を誓い、長い時間をかけ首謀者のもとにたどり着く。スパイとしての資質を買われCIAに引き抜かれた彼は、元海軍特殊部隊の教官に鍛えられ、大規模なテロ計画の阻止に挑む。

ホテル従業員の女性が、空港で優しげな男と知り合う。そして飛行機に搭乗すると、隣の席に座っていたのは彼だった。しかし密室となった機内で、彼は自身が暗殺者であることを告げ、彼女に協力するよう脅迫する。

無茶な飛行でいつも周囲をはらはらさせているコロラド州の森林火災の消火隊員ピートは、非番の日に起きた山火事の消火活動に出動した際、飛行機にトラブルが起こった同僚のアルを助けようとして、爆死してしまう。天国に行ったピーターはハップという天使と出会い、彼女の命で現世に舞い戻り、パイロット養成学校の生徒テッドに守護霊としてアドバイスを与えることになる。

ダイビング中に伝説の沈没船を発見したジャレット（ポール・ウォーカー）は、恋人のサム（ジェシカ・アルバ）とともに船の中にあるとされる金塊を手に入れようと計画を立てる。

ホテル経営を夢見る父を大黒柱とする不思議な家族の物語が、次男のジョン視点で語られていく。若い頃高級ホテル「アーバスノット・バイ・ザ・シー」でひと夏のアルバイトを経験したベリー家の父ウィンスロー（ウィン）は、ホテルに現れた熊と大道芸人のフロイトと出会う。ヨーロッパに渡るためにフロイトは熊をウィンスローに託すが、熊は誤射によって死んでしまう。その後ニューハンプシャー州デイリーで高校教師を務めるもののホテル経営の夢を抱いていたウィンスローは廃校になった女子高を買い取りそこを「ホテル･ニューハンプシャー」と名付け、家族を巻き込んだホテル経営に乗り出す。

無作為に選ばれた中学3年の1クラスを最後まで殺し合わせる新世紀教育改革法・通称“BR法”。その極限状況を生き延びた七原秋也は数年後、反BR法のテロ集団“ワイルド・セブン”を組織し首都を爆破、すべての大人たちに宣戦布告する。一方大人たちは通称“BRII”と呼ばれる新法を制定、孤島に立てこもる七原たちに、札付きの不良ばかりが集まる1クラスを送り込む。だが、その生徒たちには、1．七原を殺せば勝ち、2．制限時間は三日間、3．ペアを組み一方が殺されればもう一人も爆死する、というあまりにも非情なルールが課せられていた…