Universal Century 0079. De mensheid heeft zelfs de ruimte zelf in een slagveld veranderd, en de strijdkrachten van het Prinsdom Zeon rukken op nadat ze de helft van de wereldbevolking hebben uitgeroeid door de Operatie British (koloniedropping) uit te voeren. Als reactie hierop mobiliseren de strijdkrachten van de Earth Federation hun overweldigende strijdkracht om het voordeel te herwinnen. De complexe intriges van de familie Zabi... Sayla Mass, terwijl ze kampt met de grillen van het lot... Hamon en Ramba Ral, die nu piloot is bij de Zeon-strijdkrachten... Amuro en Fraw, die een vredig leven leiden in Side 7... er valt een donkere schaduw over hen allemaal. En de Zeon-topper Char Aznable komt, gedreven door wraak, in actie als de 'Battle of Loum' eindelijk begint.
Britse verslaggevers vermoeden een internationale doofpotoperatie van een mondiale ramp die gaande is... en ze hebben gelijk. Hysterische paniek heeft de wereld overspoeld nadat de Verenigde Staten en de Sovjet-Unie tegelijkertijd kernwapens tot ontploffing brachten en ervoor zorgden dat de baan van de aarde veranderde, waardoor deze richting de zon raasde.
Kapitein Future en zijn vrienden strijden in een galactische race en verdedigen zichzelf uiteindelijk tegen agressieve concurrenten en kwaadaardige schurken die eropuit zijn hen te vernietigen.
Peter krijgt een terugkerende nachtmerrie waarin hij zijn gezin verliest. Uiteindelijk wordt dit werkelijkheid wanneer de aarde bezet raakt door een kracht die uit is op geweld en vernietiging.
De rebellen gaan vechten tegen het meedogenloze leger van de Moederwereld. Een strijd waarbij onverbrekelijke banden worden gesmeed, helden opduiken en legendes ontstaan.
In een nabije toekomst is door een wereldwijde catastrofe vrijwel de gehele mensheid uitgeroeid. 200 jaar zijn verstreken sinds de aarde onbewoonbaar werd als gevolg hiervan. Slechts een paar mensen zouden kunnen worden verplaatst naar een onherbergzame planeet. Een astronaut uit de ruimte wordt op een missie gestuurd om uit te zoeken of een terugkeer mogelijk is.
Een piloot is de enige hoop om de muiterij van een ruimtevaartuig door de veiligheidsploeg, die plannen heeft om de bemanning van het schip als slaaf te verkopen, te stoppen.
Een groep astronauten onderzoekt de dertiende maan van Jupiter en vindt niets anders dan de zogenaamd mythische beschaving van Atlantis, die uitsluitend bestaat uit vrouwen die dansen op de muziek van de aardse Borodin.