ゲームオーバーは現実の死に直結する。 全ての原点であるデスゲーム『ソードアート・オンライン』が、 劇場のスクリーンで新たに幕を開ける。 『ソードアート・オンライン プログレッシブ』は、《SAO》物語のすべての始まり、 アインクラッド第一層からの軌跡を、深く掘り下げながら詳細に描く作者自身によるリブート・シリーズ。

ブレイドはヴァンパイアと人間との間に生まれた混血で、人間を脅かすヴァンパイアを抹殺するために闘うヴァンパイア・ハンターだ。彼は母親を死に追いやった宿敵のヴァンパイア、フロストを追っていた。フロストは世界征服を狙い、暗黒院の書庫で古代予言書「マルガの書」をコンピュータで解読し、12人のヴァンパイアを生け贄に全能の力を得ようと企んでいた。ブレイドは彼らのアジト暗黒院に潜入、フロストがマルガを呼び起こす儀式を阻止しようとする。

メカの天才スカッドを新たな相棒にしたブレイドは、ヴァンパイアのアジトを襲撃。とらわれた相棒ウィスラーを取り戻すがその矢先、今度は逆にブレイドの隠れ家が発見されてしまう。戦闘態勢を敷くブレイドたちだが、現われたヴァンパイア部隊は休戦を申し入れてきた。人間もヴァンパイアも根絶させたい新種族リーパーズに対抗するため、一時的に手を結ぼうという。ブレイドはウィスラーら仲間に反対されるが、提案を受け入れる。

セガール扮する考古学者は、発掘のために訪れた中国で麻薬密輸事件に巻き込まれる。暗殺者に妻を殺され復讐に燃えたセガールは、その背後に世界制覇を目指すチャイニーズ・マフィアがいることを突き止め……。