第25話「Air」 全ての使徒を倒したNERVに対し、サードインパクト発動を目論むゼーレが戦略自衛隊を使った武力占拠を開始する。施設が次々と破壊・占拠されていく中、シンジは戦自隊員に発見され殺されそうになるが、生きる意思を失くしていたシンジは抵抗すらしなかった。それをミサトが寸前で救出するが、移動中に銃撃に遭って負傷し、シンジにEVAで戦うよう言い残して命を落とす。 第26話 「まごころを、君に」シンジを乗せたEVA初号機を依代としてサードインパクトが始まる。これによって人類は個体の生命体としての姿を保てなくなり液化して崩れていき、その魂は「黒き月」に集められる。初号機はレイやカヲルの姿をとる巨人（第2使徒リリス）に取り込まれ、シンジはレイとカヲルに再会する。そこでシンジは人類が単体の生命となることを望まず、それぞれの個人がいる従来の世界を望みリリスは首から血を噴き出しながら倒れ崩れ落ちていく。

シュゴッダム国のコーカサスカブト城では、戴冠の儀式が始まろうとしていた。ギラ・ハスティーがついにシュゴッダムの王となる日が来たのだ。ヤンマ、ヒメノ、リタ、カグラギも集い、新国王誕生の瞬間を迎えようとしたその時、ひとりの女性がギラの前に現れる。死の国ハーカバーカの案内人だという彼女によると、新たな国王が即位する際、シュゴッダムの国王はハーカバーカへ赴き、先祖からシュゴッダムの真の歴史を聞かなければならないという。そこでギラたちはハーカバーカへ旅立つが……。

汎用ヒト型決戦兵器エヴァンゲリオンに乗ることで、自ら戦うことを選んだ碇シンジ。大きな運命を託された14歳の少年の物語は、ここから未知の領域へ突入する。また、綾波レイと人気を二分するヒロイン、アスカがエヴァンゲリオン2号機に乗って参戦。加えて魅惑の新ヒロインが登場する。そして、謎の生命体“使徒”とEVAシリーズの戦いは新エヴァンゲリオンの参加で、さらに激しくエスカレートしていく。

世界を壊滅状態へと導いた「セカンド・インパクト」から15年後。14歳の碇シンジは、特務機関NERV（ネルフ）の最高司令官で父親でもある碇ゲンドウから、謎の巨大生物“使徒”と戦う人造人間エヴァンゲリオンのパイロットに任命される。使徒との戦いが困難を極める中、地球存続のための任務を背負う彼らは、ある国家規模の作戦を実行に移すことになる。

西暦2015年。人類を襲う謎の兵器「使徒」に対抗するため、汎用人型決戦兵器エヴァンゲリオンを完成させた特務機関ネルフは、14歳の少年少女達をパイロットにエヴァを実戦投入する。しかしその後ろでは同時に「人類補完計画」が進行していた。

舞台は1923年のドイツ（ワイマール共和国）にあるミュンヘン。この頃のドイツでは、第一次世界大戦敗戦後の、インフレに伴う貧困に喘ぎながら、それでも人々は懸命に生きていた。 アニメ最終話で錬金術世界から現実世界へと飛ばされたエドワードは18歳になり、元の世界に戻る為にロケット工学を研究していたが、先の見えない現実に焦燥していた。その頃、エドの同居人で「自らの手でロケットを作りたい」と夢見るアルフォンス・ハイデリヒは、パトロンを得て念願のロケット製作に着手する。しかしその裏には謎の組織・トゥーレ協会の陰謀が隠されていた。 あるとき、街で行われたカーニバルに来ていたエドワードは一人の女性に出会った。彼女の名は「ノーア」。彼女には、自分が触った相手の心の中や記憶を観る事ができるという不思議な力があった。彼女は「ジプシー」と呼ばれる被差別民族で、自分たちのことは「ロマ」と呼んでいた。そんな彼女と出会ったエドワードは、次第にドイツで起ころうとしている壮大な計画へと巻き込まれてゆく。そしてそれは同時に、錬金術世界の破滅の危機をも意味していた。 一方、アメストリスで13歳に成長したアルフォンスは兄を探す旅に出る。アルはエドとともに旅した4年間の記憶を失くしていたのだった。そして大切な思い出とともに、希望が時に予想だにしない悲劇を引き起こすことになるということも忘れていた。「兄さんに会いたい」その純粋な想いの果てに悲劇が待っているとは知らずに…。 引き裂かれた兄弟、シャンバラを求める者。門の鍵を為す者、様々な人間の思惑と欲望を孕んで物語の幕は再び上がる。

Ａ．Ｃ．１９６年、クリスマスイブ。リリーナ・ドーリアンは外交訪問中のＬ－３ Ｘ１８９９９コロニーで拉致され、一人の少女に出会う。少女の名はマリーメイア。 先年死去した世界国家の元首でＯＺ総帥を務めたトレーズ・クシュリナーダを父に持 つという。少女が父の覇権を継ぎ新たなる戦いを宣言したその頃、ヒイロ、デュオは 独自のルートでＸ１８９９９コロニーへの潜入を果たす。が、２人の前に敵となった 五飛とトロワが立ち塞がった！

カフェ「ザ・プレイス」に居座る謎の男。人生の迷い人たちが絶えず訪れ、彼に願いを訴える。男は、願いを叶える代わりに彼らに任務を与えるが、それらはどれも他人の運命を巻き込むものだった。やがて、彼に願いを訴えた者たちの運命が交差し始め…。

1986年、ゲームをこよなく愛する少年ダイスケ（吉井一肇）は、クラスメ−トのクミコ（平祐奈）にひそかに思いを寄せていた。彼は何とかしてクミコと接近したいと願っていたが、なかなかチャンスは巡ってこない。そんな折、あるゲームがきっかけで、ダイスケにチャンスが……

突如、世界が4つに分裂してしまった！？ それぞれの世界へ飛ばされてしまう桜井景和、鞍馬祢音、吾妻道長、ツムリ。 そして、何故かそれぞれの世界に現れる、どこか様子が違う4人の英寿！？ なんと英寿も4人に分裂してしまったのだ！ その原因とは、未来人によって始められた≪世界滅亡ゲーム≫。 英寿と世界の危機に、仮面ライダータイクーン、ナーゴ、バッファ、 さらに、ケイロウ・ロポ・パンクジャックも参戦！ 奇想天外な展開に現れたのは――黒いギーツ！？英寿、そして世界の運命はいかに――！？

トップハム・ハット卿が休暇で暫くの間ソドー島を離れる事になり、『シャイニング・タイム駅』の駅員『ミスター・コンダクター』が、局長代理として島へ来ることになった。トーマスたち機関車は彼を歓迎するものの、極悪非道なディーゼル機関車、ディーゼル10も謎の機関車『レディー』を捕まえるべくソドー島に帰って来ていた。そのレディーは、マッフル・マウンテンに住むバーネット・ストーンが洞窟に隠していた。彼は以前、この機関車を守るようコンダクター家に頼まれていたが、数年前、レディーを酷い目に合わせてしまい、それ以来山に閉じ籠ってしまう。ソドー島では、誰もがディーゼルに脅える中、やっとミスターコンダクターがソドー島に到着する。しかし、ソドー島とシャイニング・タイムを行き来するのに必要な『魔法の粉』が底を尽きてしまい、ピンチを迎えてしまう。