Veteran perang Amerika ini direkrut untuk mengajarkan taktik militer modern di Jepang tahun 1870-an, lalu terjebak di dalam konflik antara sang kaisar dan para samurai.
Parker mengalami krisis identitas yang besar. Lelah menjadi Spider-Man, ia memutuskan untuk mengesampingkan alter ego superhero-nya, yang membuat kota menderita akibat pembantaian yang ditinggalkan oleh Doc Ock yang jahat. Sementara itu, Parker masih belum bisa menunjukkan perasaannya kepada Mary Jane Watson, seorang gadis yang dicintainya sejak kecil. Kemarahan tertentu mulai muncul dalam diri sahabatnya, Harry Osborn...
Ketika seorang agen CIA bayangan mengungkap rahasia agensi yang memberatkan, dia diburu di seluruh dunia oleh seorang agen sosiopat nakal yang memberikan hadiah di kepalanya.