麻薬製造がばれて薬物治療のリハビリ施設に入れられた大学生・ミルトン。そこで薬物精製をそそのかす女性・スカイラーとその恋人・ラッセルと出会うが、3人は不可思議な時間のループに巻き込まれる。彼らは何度も殺しあいながら、ループの謎を探るのだが…。

郡の判事である黒人女性の孫娘が誘拐され、その後殺害されるという事件が発生した。その犯人は11歳の女の子2人（ロニー・フラーとアリス・マニング）であった。アリスは「赤ん坊を殺したのはロニーであって、私ははめられただけです」と主張したが、それは退けられることになった。不思議なことに、アリスの母親であるヘレンは娘を必死で庇う素振りを見せることがなかった。 それから7年後、18歳になったロニーとアリスは少年院から出所した。ロニーは町のベーグル販売店で働き始めたが、アリスはあてもなく町をぶらぶらしていた。アリスはリアリティ番組に出演してスターダムにのし上がりたいという野心を抱いており、司法制度の被害者としての自分をアピールするためのスピーチを練習していた。ヘレンは小学校の教員をしており、娘との関係はギクシャクしていた。ヘレンはアリスが太っていることや母親である自分と同じ価値観に全く共感していないことを不満に思っていた。 2人の出所から2週間後、地元の家具屋でブリタニーという名前の女の子が行方不明になるという事件が発生した。ブリタニーもまた白人と黒人の夫婦の間に生まれた子供であったことから、人々は7年前に発生した誘拐殺人事件を想起した。事件を担当することになった刑事の中には、7年前の事件で被害女児を発見し刑事に昇格したナンシー・ポーター刑事の姿があった。ポーターはあの事件のことが未だに脳裏から離れずにいた。ポーターはロニーとアリスに事情聴取を行ったが、ロニーは怯えるばかりで会話が成立せず、アリスは「7年前と同様、ロニーがやったに違いない」と強く主張してきた。ヘレンにも事情聴取が行われたが、彼女はポーターに対する敵意を剥き出しにした。 ポーターの直観通り、7年前の事件と今回の事件の間には密接な関係があった。しかし、そこには彼女が予想していた以上に陰惨な真実が隠されていた。

愛する家族をギャングに惨殺され、闇のヒーロー、パニッシャーとなった男フランク・キャッスル。彼はギャングの大物ルソッティを新たな標的に定め、そのアジトを襲撃するが、銃撃戦の中でFBIの潜入捜査官を誤殺してしまう。痛恨のミスに苦悩するフランクは、パニッシャーとしての自らの存在を自問する。一方、顔をズタズタにされながらも命を取り留めたルソッティは、ジグソウと名を変え、パニッシャーへの復讐を決意していた。