De computerhacker Neo komt er achter dat het leven op aarde niets meer is dan een computersimulatie, opgezet door machines om de mensheid in bedwang te houden. Hij wordt door enkele vrijheidsstrijders uit deze "Matrix" gehaald.
Joel is er nogal van ondersteboven dat zijn vriendin Clementine al haar herinneringen aan hun nogal tumultueuze relatie heeft laten wissen. Wanhopig neemt hij contact op met de uitvinder van het bewuste proces, Dr. Howard Mierzwiak, om zo Clementine uit zijn eigen geheugen te laten verwijderen.
Even voor het ontstaan van menselijk leven op aarde ontdekt een groep apen een monoliet. Vier miljoen jaar later wordt een gelijkaardig object ontdekt op de maan dat een signaal uitzendt naar Jupiter.
Los Angeles, 2019: Rick Deckard is een 'Blade Runner': een politieagent die ingezet wordt om 'replicants' (androïden) uit te schakelen, omdat onze planeet na een gewelddadige opstand verboden terrein is voor hen.
In de toekomst vindt er een wereldoorlog plaats tussen de mensen en de machines. De machines sturen een Terminator terug in de tijd. Deze cyborg heeft maar één missie: het doden van Sarah Connor, omdat haar ongeboren zoon zal uitgroeien tot de leider van het menselijk verzet.
Een student breekt, zonder het zelf te weten, in in de centrale computer van het Amerikaanse leger. Daar denkt hij spelletjes te spelen tegen de computer. Maar deze spelletjes zouden weleens het begin kunnen zijn van de Derde Wereldoorlog.
De machines hebben de locatie van Zion, de laatste menselijke stad, gevonden. De enige hoop voor de rebellen is The Keymaker, een man met toegang tot alle deuren naar de machinewereld. Hij wordt echter bewaakt door The Twins, een gedreadlocked duo dat kan verdwijnen en verschijnen als geesten. Agent Smith kan zich inmiddels als een virus in The Matrix vermenigvuldigen, wat de zoektocht voor Neo, Trinity en Morpheus bemoeilijkt.
In het midden van de 21e eeuw heeft de mens een nieuw type computer ontwikkeld, dat zich bewust is van zijn eigen bestaan. Deze vorm van kunstmatige intelligentie wordt onder andere gebruikt in robots. Eén van deze robots, een jongen, hoopt een echt mens te worden, om zo de liefde van zijn pleegmoeder terug te winnen.
Computerdeskundige Hannon Fuller ontdekt iets belangrijks: hij wil het aan zijn collega Douglas Hall vertellen, maar aangezien er iemand achter hem aanzit, laat hij het bericht achter in een paralelle computerwereld die identiek is aan de wereld in de jaren '30. Douglas moet nu op zoek in het systeem om het bericht te vinden.
Terwijl het een kwestie van uren is voor de machines Zion binnen zullen dringen moeten Trinity en Morpheus op zoek naar Neo, die gevangen zit in een wereld tussen de Matrix en de echte wereld. Wanneer het gevecht tussen de machines en de bewoners van Zion begint probeert Neo definitief af te rekenen met Agent Smith.
Kirk, inmiddels admiraal, krijgt nog één keer het commando over zijn oude schip om een vreemde en dodelijke macht tegen te houden die op weg is naar de aarde. Kirk zoekt zijn oude bemanningsleden bij elkaar om met hen de planeet te redden.
Ruim tien jaar nadat John Connor erin geslaagd is om de gevreesde Judgment Day te voorkomen, leeft hij helemaal afgesloten van de maatschappij en probeert hij zo weinig mogelijk gebruik te maken van eender welke machine.
De film speelt zich af in post-apocalyptisch 2018. John Connor heeft als lot het leiden van de opstand tegen Skynet en haar leger van Terminators. De toekomst die hij voorzag wordt veranderd door de komst van Marcus Wright, een vreemdeling wiens laatste herinnering is dat hij in een cel op de executie van zijn doodstraf zat te wachten. Connor moet bepalen of Marcus gezonden is vanuit de toekomst, of gered is vanuit het verleden. Samen trekken ze ten strijde tegen Skynet.
Een team astronauten gaat op een missie om te verkennen, voor de 'The colonisation ship', in hun bommenwerper 'The Dark Star'. Bij de missie moeten zij ook het gebruik van een nieuwe zelfdenkende en pratende interstellaire bom testen. Deze bom wordt gebruikt om instabiele planeten te vernietigen en ruim baan te maken voor de kolonisten. Tijdens de missie gaat er van alles mis: zo komen ze bijvoorbeeld in aanraking met een strandbal-vormig buitenaards wezen die even door het schip stuitert.
Er wordt voorspeld dat een gigantische zonnevlam de aarde zal verbranden. Een groep van astronauten moet naar de zon reizen om daar op het juist moment een speciale bom te droppen die de zonnevlam van richting moet laten veranderen.