Den amerikanske regering sender officeren Preston Packard og hans mænd sammen med en fotojournalist til Skull Island for at udforske den. Kort efter ankomsten til øen bliver gruppen angrebet af en kæmpe abe, der smadrer alt og alle.

Biolog-parret (Isaac og Portman) deltager frivilligt i en hemmelig mission i et fremmed territorium – en afskåret skov, hvor et formskiftende Aurora Borealis-lignende væsen venter. Andre har tidligere vovet sig ind i området med katastrofale følger.

På vegne af det britiske imperium drager en af verdens sidste store opdagelsesrejsende, britiske Percy Fawcett, i starten af det 20. århundrede til Amazonas jungle for at kortlægge området mellem Brasilien, Peru og Bolivia. I junglen finder han spor på en hidtil ukendt, højt udviklet civilisation. På trods af, at de etablerede videnskabsmænd latterliggør ham og hans tese om et teknisk avanceret urfolk i junglen, bliver udforskningen til en besættelse for ham. Han tager nu tilbage til regnskoven for at bevise, at han har ret.