In een verre toekomst heeft oorlog de hele aarde verwoest, waardoor alleen een dorre woestenij overblijft waar de watervoorziening wordt gecontroleerd door een hebzuchtige koning.
De enige reden waarom de New Yorkse agent in Los Angeles zit, is dat hij de kerst bij zijn kinderen wil zijn. Hij bevindt zich op een feestje van het werk van zijn ex-vrouw als een stel Duitse terroristen controle over de wolkenkrabber neemt om een kluis met zeven sloten te openen.
De tienjarige Elliott woont samen met zijn moeder, broer en zusje in een bosrijke buitenwijk van Los Angeles. Op een dag ontdekt hij in de tuin een buitenaards wezentje. Elliott en het wezentje schrikken zich eerst te pletter, maar sluiten dan vriendschap. Elliott noemt het wezentje E.T. en verbergt het in een kast op zijn kamer. De jongen laat E.T. ook kennis maken met zijn broer en zijn zusje. E.T. raakt snel vertrouwd met het aardse leven. Toch heeft hij heimwee naar zijn planeet. Ondertussen begint de aardse atmosfeer zijn gezondheid aan te tasten. Ook Elliott voelt zich niet lekker. Hun band is immers zo hecht geworden dat ze dezelfde gevoelens ervaren.
De Minerva meert aan bij een ZAFT-basis, waar ze worden opgewacht door voorzitter Durandal. Tijdens een rustig diner praat hij met Athrun, Shinn en andere leden van de bemanning. Dit gesprek brengt Shinn ertoe na te denken over het verleden en de gebeurtenissen die hen hebben gebracht waar ze nu zijn. Maar begrip brengt geen vrede, en na nog een ruzie met enkele van zijn scheepsmaten gaat Shinn aan land om zijn hoofd leeg te maken. Daar ontmoet hij een mooi meisje en ziet haar in de oceaan vallen. Hij duikt erin om haar te redden, en moet op zijn beurt wachten om gered te worden. Ondertussen verzamelen de Alliantietroepen zich, samen met hun Orb-bondgenoten, om een aanval op ZAFT te lanceren. De Minerva bereidt zich voor op de strijd. Maar onbekend aan beide kanten, ver onder de golven, gaat een andere groep proberen een einde te maken aan de gevechten.
Een buitenaardse symbiote van een andere wereld geeft Peter Parker, alias Spider-Man, nieuwe krachten en een zwart pak die hij goed kan gebruiken om enkele nieuwe vijanden mee te bestrijden. Peters leven lijkt geweldig te zijn met zijn nieuwe pak, totdat hij en zijn geliefden merken dat er iets niet klopt in zijn gedrag...
Het jaar is Kosmisch Tijdperk 73. De Bloedige Valentijnsoorlog, uitgevochten tussen de PLANTS ruimtekolonies en de naties van de Atlantische Federatie, is geëindigd en er is een ongemakkelijke wapenstilstand op aarde ontstaan. Met de ondertekening van het Junius Zeven-verdrag hebben de soldaten van de wereld het slagveld en de gruwelijke aanblik van de oorlog achter zich gelaten. Velen die hebben gevochten zoeken nu vrede en toevlucht in de beschutting van het burgerleven. Maar één jongen, Shin Asuka, vindt dat ongelooflijk moeilijk. Als coördinator die zijn hele familie verloor tijdens de Slag om Orb, vecht hij nu met ZAFT in een van hun nieuwste machines, de Impulse Gundam. Natuurlijk ontwikkelt ZAFT deze machines alleen voor defensieve toepassingen - dat beweren ze tenminste - maar wanneer een groep Federatie-agenten enkele van deze prototypemachines steelt, wordt de wereld opnieuw in de richting van oorlog gestort.
Nadat hij Logos en de Earth Alliance heeft verslagen, onthult de triomfantelijke voorzitter Durandal nu zijn ultieme plan voor de mensheid. De wereld reageert met verwarring en afgrijzen op de details van het Destiny Plan, maar Durandal is te ver gekomen om iemand zijn droom van eeuwige vrede en geluk in de weg te laten staan. Met behulp van de wapens van zijn gevallen vijanden laat de voorzitter zien dat hij voor niets zal stoppen om zijn nieuwe wereld te creëren. De Aartsengel en zijn bondgenoten zijn nu de laatste hoop van de mensheid om Durandal ervan te weerhouden zijn plannen uit te voeren. Opnieuw begint een hevig gevecht rond het Requiem-kanon en zijn relaisstations, en de Gundam-piloten ontmoeten elkaar in een laatste confrontatie boven het maanoppervlak. Shinn tegen Athrun, Kira tegen Rey, Aartsengel tegen Minerva... Uiteindelijk kan er maar één overwinnaar zijn.
De vloten van de Earth Alliance en de Orb Union verzamelen hun krachten in de Middellandse Zee en lanceren een tweede aanval op de Minerva, en deze keer kan zelfs de tussenkomst van de Aartsengel de gevechten niet stoppen. Terwijl Shinn zijn woede loslaat op de Orb-vloot, gaan Kira en Athrun de confrontatie met elkaar aan in de strijd, en een van deze levenslange vrienden wordt verslagen. Terug in het PLANT-thuisland denkt voorzitter Durandal terug aan zijn verleden en overweegt hij zijn plannen voor de toekomst... plannen die de verwijdering van verstorende elementen zoals Lacus en de Archangel-bemanning vereisen. In de nasleep van de strijd komt Shinn tot een noodlottige beslissing. Stella, de vijandelijke piloot die hij ooit beloofde te beschermen, zit nu gevangen aan boord van de Minerva. Stella's fysieke toestand gaat snel achteruit en Shinn zal alles waarin hij gelooft moeten verraden om haar leven te redden.
Een zangeres keert terug naar haar geboorteplaats en stelt een team van strijders samen om achter lokale gangsters aan te gaan.