L'amenaça d'un terrorista de posar un seguit de bombes en una ciutat molt poblada, farà que el famós detectiu adolescent Shinichi Kudo, àlies Conan Edogawa, hagi de fer servir la seva increïble capacitat de deducció per salvar un munt de vides, que ara són a les seves mans. Al costat de la Ran Mouri, la seva companya de classe i encara millor amiga, en Conan posarà fil a l'agulla al cas del professor Moriya, un arquitecte obsessionat amb la simetria.
Ryo Saeba és un peculiar detectiu privat més conegut per la seva feblesa envers les dones atractives que per la seva capacitat per resoldre crims. Ryo és contractat per un magnat de la premsa per trobar la seva filla desapareguda, Shizuko. La investigació el condueix fins a un creuer de luxe que casualment és també l'objectiu d'una banda de terroristes internacionals. Atrapat a bord, Ryo haurà de resoldre la situació amb la inestimable col·laboració de la seva gelosa ajudant Kaori, la bella agent secreta Saeko i un misteriós jugador anomenat Kotetsu.