A második rész a NERV sarkvidéki bázisán, a Bethany Base-en kezdődik. Rögtön az anime elején megismerhetjük az új szereplőt, Makinami Mari Illustrious-t, az új EVA UNIT-05 pilótáját, aki a bázis alatt harcol a Harmadik Angyal ellen. Eközben Japánban Ikari Shinji édesanyja sírját látogatja meg apjával. Útközben hazafelé Misatóval értesülnek a Hetedik Angyal támadásáról, miközben a UNIT-02 légi úton megérkezik Németországból, és rögvest felveszi a harcot az Angyallal. Pilótája a Second Children, Shikinami Asuka Langley százados. Vele egyidőben Ryoji Kaji is megérkezik
Amikor egy váratlan ellenség felbukkanása a globális biztonságot fenyegeti, Nick Fury, a S.H.I.E.L.D. néven ismert nemzetközi békefenntartó ügynökség igazgatója azon kapja magát, hogy szüksége van egy csapatra, amely megakadályozza a katasztrófát. Az egész világon átívelő toborzás veszi kezdetét!
2051-ből időutazók érkeznek, hogy sürgős üzenetet közöljenek. 30 év múlva az emberiség elveszíti a háborút egy idegen faj ellen. A túlélés egyetlen reménye, hogy katonákat és civileket szállítanak a jövőbe, akik csatlakoznak a harchoz. Dan Forester elhatározza, hogy megmenti a világot a lánya érdekében. Egy briliáns tudóssal és elidegenedett apjával összefogva, újra írja a bolygó sorsát...
Tökéletes ellentéte egymásnak Kirk és Spock. A bajkeverő iowai farmerfiú és a félig ember, félig vulkáni Spock az akadémián találkozik. A köztük lévő feszültség tovább növekszik, amikor beválogatják őket a Pike kapitány vezetésével első útjára készülő Enterprise csillaghajó legénységébe. A csillagflotta kadétjaként olyan veszélyes ellenséggel kell szembenézniük, amely a bolygók népeit egyesítő szövetséget, a Föderációt fenyegeti. A galaxis sorsa a két ifjú titán kezében van. Ha meg akarják akadályoznia a pusztulást, az ellentéteket félretéve össze kell fogniuk egymással.
Egy napkitörés következtében az emberek többsége elveszíti a látását, mely által kaotikus helyzet alakul ki. Eközben egy katonai kutatóbázisról húsevő növények szabadulnak el. A Triffidek pedig folyamatosan emberekre vadásznak, és pusztítják a városokat.
A NASA Antarktiszon állomásozó kutatócsoportjának kommunikációs szatelitje egy nap titokzatos jelet fog, melyet egy több méterrel a jég alatt fekvő objektum sugároz. A vezető kutatók azonnal Julien Rome-ot (James Spader) hívják, aki korábban egy földönkívüli létet kutató programban dolgozott. A hajdani idegenvadász rögtön a Déli-sarkra repül, ahol számtalan kellemetlen meglepetés mellett egy kellemes is éri: találkozik régi szerelmével, az ugyancsak a jelek után kutató Kate-tel. Megfejtik a kódot, amely a földönkívüliek üzenete, amely a jég fogságában lévő lényre figyelmezteti az embereket. Későn, mert a lény kiszabadul, a bázist lezárják és elrendelik a teljes megsemmisítését.
Zane Zaminsky rejtélyes halála után öt ember, köztük Zane testvére, Jack (Patrick Muldoon) és egy fiatal riporternő, Bridget (Jane Sibbett) különös csomagot kap, amiben bizonyítékok vannak arra, hogy az idegenek megkezdték a Föld gyarmatosítását és átalakítását. Miközben Jack és Bridget megpróbálja megállítani az idegeneket, rá kell jönniük, hogy azok, akikben eddig bíztak, már nem mellettük állnak, és hiába vannak bizonyítékaik, lehetetlen meggyőzni több milliárd embert a fenyegető veszélyről. Most már csak kettejükön áll, hogy az emberiség túléli az inváziót vagy elbukik.