近未来の地球。侵略者の激しい攻撃に、人類の軍事力ではもはや太刀打ちできなくなっていた。対侵略者の任務に就いたウィリアム・ケイジ少佐は、戦闘によって亡くなる。しかし、タイムループの世界にとらわれ、戦闘と死を繰り返す。そんな中、特殊部隊の軍人リタ・ヴラタスキと出会ったケイジは、彼女と一緒に何度も戦闘と死を繰り返しながら戦闘技術を向上させる。

西暦2027年11月。人類は希望を失い、世界は恐慌状態におちいっていた。なぜか出産の能力が失われ、18年間にわたって全く子供が生まれないのだ。英国は軍事力で徹底的に抑圧することにより、秩序を維持していた。検問所に向かう途中、セオたちの車は暴徒の襲撃にあい、ジュリアンが撃たれて絶命。組織のアジトに逃げ込んだセオは、キーから衝撃の事実を告白される。なんと彼女は子供を身ごもっており、間もなく出産を迎えるというのだ。セオは彼女を連れ、命がけの逃避行を開始する。

1993年、国際世論におされた米軍は民族紛争の続くソマリアへ派兵。内戦を終結させようと最大勢力ババルギディル族を率いて和平に反対するアイディード将軍の副官２名を捕らえるため、約100名の特殊部隊を首都モガディシュへ強襲させた。当初、作戦は１時間足らずで終了するはずだったが、作戦の開始直後にアイディード将軍派の民兵により２機のヘリコプターがロケットランチャーで撃墜されてしまう。 敵地の中心へ仲間たちの救出に向かう兵士らは泥沼の市街戦に突入していく。

猿と人類の全面戦争が始まってから2年が経ち、シーザーが率いる猿の群れは、森の奥深くのとりでに姿を隠していた。ある日、奇襲によってシーザーの妻と息子の命が奪われる。シーザーは人類の軍隊のリーダーである大佐に復讐するため、オランウータンのモーリスらと共に旅立つ。

第二次世界大戦の最中、人一倍愛国心に燃えるスティーブ・ロジャースは兵士に志願し国の為に尽くしたかったが背も低く虚弱な体から兵士として認められず悶々としていた。ある日知り合った戦略科学予備軍の科学者であるエイブラハム・アースキン博士にその愛国心と強く正しい心を認められスーパーソルジャー計画の候補として実験被験者として選ばれ、超人血清を打たれスティーブは屈強なほぼ不死身の超人として生まれ変わる。

第2次世界大戦下である1944年12月、欧州のアルデンヌ高地。連合軍はドイツ軍の猛攻を受けて劣勢を強いられ、連合軍の指揮官たち、マッカリーやブラッドリーは困惑する。その一方、米軍のカッパら兵士たちは最前線でドイツ軍と対峙する日々に疲弊していたが、ある小隊は怪しい米軍の憲兵たちと遭遇。一行の正体は、実は憲兵に成り済ましたドイツ軍だった。以後も連合軍とドイツ軍は何度も激しい交戦を繰り広げていくが……。

研究所で科学者達が姿を消す不可解な事件が発生し、特殊部隊は極秘に調査を開始。研究所で部隊を待っていたのは、地球に存在するはずのない未知の生物だった。