トーマス・アンダーソンは、大手ソフトウェア会社に勤めるプログラマである。しかし彼には天才ハッカー、ネオというもう一つの顔があった。ある日、彼はとある人物から連絡を受け、警察に追われる。そして彼から衝撃的な世界の真実を告げられた。

巨大な宇宙貨物船に侵入した一匹の異星生物の恐怖。地球への帰途についていた宇宙貨物船ノストロモ号は、謎の救難信号を受けて未知の惑星に降り立つ。そこには異星人の船があり、船内には無数の奇怪な卵が存在していた。卵から飛び出した奇妙な生物が顔に貼り付いた航宙士ケインを回収し、ノストロモ号は再び航海につくが、彼の体内にはすでに異星生物の幼体が産みつけられていたのだ。ケインの腹を突き破り姿を現したエイリアンは脱皮を繰り返し巨大に成長、一人また一人と乗組員を血祭りにあげていく……。

未来からの抹殺兵器ターミネーターを破壊し、近未来で恐ろしい戦争が起こる事を知ってしまったサラ・コナー。カイルとの子供ジョンは母親から常にその戦争の話や戦いへの備えの話を聞かされていた。サラは周囲から変人扱いされ精神病院へ収容されジョンは親戚の家で暮らしていた。ある日ジョンの前に執拗にジョンを狙う不審な警官が現る。軌道を逸した警官の行動は明らかにジョンを殺害しようとしていた。殺されるその寸前、見知らぬ屈強な男が現れジョンを救う。彼は自らをターミネーターでありジョンを守るべく再プログラムされ未来から送り込まれたと告げる。ジョンは病院の母親を連れ出し、最終戦争を起こす原因であるコンピューターシステム「スカイネット」を破壊するため、ターミネーターと共にサイバーダイン社へ向かうが・・・

独裁国家となった未来のイギリス。TV局で働くイヴィーは外出禁止時間帯の夜に秘密警察に見つかり、絶体絶命の危機に見舞われたところを、"V"とだけ名乗る仮面の男に命を救われる。しかし、"V"と名乗るその男は、国家を相手にひとりテロ活動を続け、クラシック音楽の調べにあわせて街を爆破、TV局を不法占拠し、政府要人を暗殺していく、正体不明、経歴不詳、善か悪かの判別不能の男だった。1605年に国王の圧制に反発し国家転覆を図り失敗に終わったガイ・フォークスにならって、イギリスの反逆精神の象徴となったその日、11月5日-ガイ・フォークス・デイ-に、国民の決起を呼びかける"V"。正義か、犯罪か。"V"とは一体何者なのか？"V"と出会い、自分自身についての真実をも知るようになったイヴィーは、図らずも"V"の協力者となり、自由と正義を取り戻す革命のために立ち上がったー。

遺伝子操作により管理された近未来。宇宙飛行士を夢見る青年ビンセントは、劣性の遺伝子のため希望の無い生活を送っていた。そんなある日、ビンセントは闇業者の手配により、事故により身障者となった優秀な遺伝子をもつ元エリート、ジェロームに成りすます偽装の契約を結ぶ。そうして、ジェロームの遺伝子を借りてエリートとなったビンセントは、宇宙飛行施設「ガタカ」に潜り込む。が、そんな中、彼の正体に疑いを持っていた上司の殺人事件が起こりる。

1914年、ナイル河畔の地下の神殿で見つかった古代文字は火・水・土・風以外の“第5の要素”があると示す。2214年、ニューヨーク。久しぶりに地球を訪れたモンドシャワン人の宇宙船は、武器商人ゾーグとその手下マンガロワ人に撃墜される。宇宙船にあった細胞を再生すると、地球の言語が分からない美少女が生まれ、町に逃げ出す。彼女、リールーはタクシー運転手コーベンに救われ、彼女の言葉が分かる神父のもとへ向かう。

ロバート・ネビルは優れた科学者だが、彼でさえ、その恐ろしいウイルスを食い止めるすべを知らなかった。それは誰にも封じることができず、治すこともかなわず、しかも、人間が作り出したウイルスだった。なぜか免疫があったネビルは、荒れ果てたニューヨークで――あるいは世界で――ただ１人生き残っている。この３年間、彼は毎日几帳面に無線でメッセージを流し続け、必死にほかの生存者を捜してきた。だが、確かに彼は"１人"ではなかった。ウイルスに侵され、変異した人間たちが闇に潜み、彼を見つめていたのだ。ネビルを駆りたてているのは唯一残った使命、それは、彼自身の免疫のある血液を使ってウイルスの影響を改善する方法を見つけること。しかし、彼には圧倒的多数の敵が迫り、時間は刻々となくなっていく...。

主人公ジョニー・リコは、高校卒業後地球連邦軍に入隊して宇宙戦艦のパイロットを志望するカルメン・イバネスに憧れ、両親の反対を押し切って軍に入隊。優秀なカルメンは艦隊アカデミーへ、超能力者の友人・カールは情報部へ配属されるが、リコは機動歩兵隊へ配属され、訓練キャンプでしごかれる日々を送る。訓練中、自らの判断ミスにより同期一人を殉職させる事故を起こしたことで、一旦は軍隊をあきらめようとしたリコだったが、奇襲攻撃で故郷ブエノスアイレスが壊滅したため機動歩兵に復帰し、宇宙での戦いに加わる。

地球温暖化が進んで一部の海に近い土地が沈み、妊娠・出産に厳しい許可制度がしかれ、人間の代わりに多くの資源を必要としないロボットが活躍する未来。その時代に人間と同じ愛情を持つ少年型ロボットとして開発されたデイビッドは、彼を製作したロボット製造会社の社員、ヘンリーとその妻モニカの元へ試験的に送られる。夫妻には不治の病を持つ息子のマーティンが居たが、現在は冷凍保存で眠っていて目覚める保証はなく、実質的に子供がいないのと同じだった。

地下都市に住む青年リンカーンは最近同じ夢を見続けるのが悩みであり、疑問でもある。彼が住む都市では、安定した暮らしと引き換えに住民はすべてを管理され、抽選で選ばれて地上最後の楽園“アイランド”に引っ越すことが理想とされた。やがてリンカーンは、ひょんなことから“アイランド”の真実を知ってしまう。リンカーンは、好意を抱いた女性ジョーダンが“アイランド”に行くのを阻止し、彼女と都市の外部へ脱出する。

21世紀初頭。全米No.1の巨大複合企業であり、アメリカでの家庭用医薬品シェア90%を誇るアンブレラ社。その裏の姿は、細菌兵器の開発などを行う「死の商人」であった。ある日、ラクーンシティにある秘密地下研究所で、研究中のT-ウイルスが何者かの手によって漏れ出し空調設備を通じて所員全員がT-ウイルスに感染した。ウイルスの漏えいを防ぐため施設の制御コンピュータ「レッド・クイーン」はハイブ内の各通路を封鎖し、500人を超える所員全員を死亡させて汚染を施設内に封じ込めた。この事故を知ったアンブレラ社は、事故の原因はレッド・クイーンの誤作動と判断しレッド・クイーンをシャットダウンするため特殊部隊を現地へ派遣する。

アンブレラ社の地下秘密研究所「ハイブ」でのバイオハザード発生から2日後、その真上にあるラクーンシティでは住民達がいつもと変わらぬ日常を送っていた。しかし、ハイブで起きた事件を調査すべく派遣されたアンブレラ社の社員が封鎖された地下入り口を開けると、高濃度のウイルス反応が検知され調査隊は内部から出てきたクリーチャーによって襲われてしまう。その結果、ウイルスによる汚染が街にまで蔓延し人々は次々と感染してゾンビ化、街中で人を襲い始めてアンデッド達が溢れ出し、壊滅状態になった。事件の隠蔽を図るアンブレラ社はラクーンシティを封鎖する。

スカイネットを破壊、予見されていた最終戦争の日も過ぎたが、ジョンの心には母親から刷り込まれた戦争の話が無くなったとは思えず不安な毎日を過ごしていた。そんな中、未来より新たなターミネーターがジョンの仲間となる兵士達の抹殺のために送られてくる。新型ターミネーターT-Xは、ジョンを発見したことで、ジョン自身の殺害プログラムを優先し彼を追うが、たまたまいっしょにいた女性と共に別のターミネーターT-850に救われる。T-850は未来のジョンの妻ケイトによりリプログラムされ送られたのだった。ジョンとケイトは最終戦争開始の日である審判の日は回避することはできず、スカイネット自体も破壊を免れており起動を待ち軍事基地に現存している事を知らされる。スカイネット起動時間が迫るなか、ジョンとケイトは起動を阻止すべくT-850の指示のもと、アメリカ軍基地へ向かうが・・

書物を読むことが禁じられた近未来の世界。幼い頃に両親を失ったモンターグは、自分を育ててくれたベイティ隊長のもと、書物を燃やすファイヤーマンとして日々を送っていた。ある日、これまでに見たこともないほどの本が隠されている家を発見してしまう。全ての本を燃やせと隊長から命令が下った直後、家と本の所有者である老婆が“オムニス（ＯＭＮＩＳ）”という謎の言葉を残して、本と共に焼身自殺を遂げる…。