Patriark tua dari dinasti kejahatan terorganisir di New York City pascaperang mengalihkan kendali kerajaan klandestinnya kepada putra bungsunya yang enggan.

Terluka dan menderita amnesia, Jason Bourne mulai merekonstruksi kembali hidupnya. Namun, ia mendapati banyak orang yang ditemuinya justru menginginkan kematiannya.

Dipaksa keluar dari persembunyian oleh seorang pembunuh, Jason Bourne terdesak masuk ke aliansi rahasia, jebakan, dan aksi saling tembak dalam sekuel memikat ini.