身長120cmで最大のペンギンとして知られる皇帝ペンギン。愛らしい反面、彼らの生活、特に子育ては厳しい。南極に冬が近づくと彼らは他の生き物とは逆により寒い南へ向かう。敵が少ない極寒の氷原で繁殖を行なうためだ。求愛のダンスでパートナーを見つけたカップルは1つの卵を大切に温め合う。やがて母ペンギンたちは往復120日間をかけて餌を求める旅に出発するがその間、父たちは絶食したまま、ひたすら卵を守り続ける。

白い魔女に勝利してから1年。現実に戻ったペベンシー4兄妹は、角笛の音に導かれ再びナルニア国へと舞い戻ってきた。しかし、この国の時間ではすでに1300年が経過しており、平和で美しい魔法の国は暴君ミラースに支配されていた。荒れはてたナルニア国を目にした4兄妹は、この国の王位継承者であるカスピアン王子（ベン・バーンズ）と出会う。

ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、カバのグロリア、キリンのメルマンの４頭とその仲間たちがマダガスカル島に漂着してから数年後。ようやく飛行機でニューヨークへ帰る手筈が整うが、離陸して間もなく燃料切れで不時着してしまう。そこは、彼らの生まれ故郷、アフリカ大陸だった。様々な動物と交流を育むアレックスたち。だがそんな中、水が枯渇する事態に見舞われる。アレックスたちはその原因究明に奔走する。