Een verzameling van negen korte animatiefilms die een achtergrond beschrijven bij de Matrix-trilogie. Er wordt een beschrijving gegeven van de oorspronkelijke oorlog tussen mens en machines, die tot de creatie van de Matrix leidde.
Het jaar 2116 - de Japanse overheid begint de Sibyl System onbemande drone robots te exporteren naar onrustige landen, en het systeem verspreidt zich over de hele wereld. Een land in het midden van een burgeroorlog, SEAUn (de Zuid-Oost-Azië-Unie), voert het Sibyl Systeem in als een experiment. Onder het nieuwe systeem, realiseert de kustplaats Shambala Float een tijdelijke vrede en veiligheid. Maar dan stuurt SEAUn terroristen naar Japan. Ze glijpen door het Sibyl Systeem en vervolgens voeren ze aanvallen uit van binnenuit. De schaduw van een bepaalde man valt over dit incident. Tsunemori die de leiding heeft over de politie, reist naar Shambala Float om onderzoek uit te voeren.
Twin Blood is een alternatieve versie van het eerste gevecht van Blade en Evil, met drastisch andere karakter- en mecha-ontwerpen dan de rest van de serie. Blade/D-Boy heeft Pegas niet nodig om te transformeren en het pantser lijkt meer op de Radam-mensachtigen uit Tekkaman Blade II.
Neo zit weer gevangen in de wereld van de Matrix, maar is zich hiervan niet bewust. Hij neemt de blauwe pil in en gaat naar een therapeut. Hierin komt verandering wanneer een man Neo's leven binnenstapt om hem duidelijk te maken dat zijn realiteit nep is. Zijn leven blijkt niet meer dan een droombeeld.
In de toekomst is het mogelijk om kunstmatige organen in te laten zetten. Remy heeft een nieuw hart maar kan de schuld daarvoor niet afbetalen. Hij slaat op de vlucht omdat er twee meedogenloze oorlogsveteranen op hem afgestuurd zijn.
Alex schiet opnieuw. Ze moet een man vermoorden, maar schiet de verkeerde neer. Er wordt een hoog prijs op haar hoofd gezet, dus krijgt ze bezoek van enkele headhunters. Nou ja, ze kon alleen maar zitten wachten en hopen op de hulp van een vriendin.