猿と人類の全面戦争が始まってから2年が経ち、シーザーが率いる猿の群れは、森の奥深くのとりでに姿を隠していた。ある日、奇襲によってシーザーの妻と息子の命が奪われる。シーザーは人類の軍隊のリーダーである大佐に復讐するため、オランウータンのモーリスらと共に旅立つ。