Pada tahun 2035, terpidana James Cole dengan enggan sukarela dikirim kembali ke masa lalu untuk menemukan asal usul virus mematikan yang memusnahkan hampir semua populasi bumi dan memaksa para penyintas masuk ke komunitas bawah tanah. Tapi ketika Cole keliru dikirim ke 1990 bukannya 1996, dia ditangkap dan dikurung di rumah sakit jiwa. Di sana ia bertemu dengan psikiater Dr. Kathryn Railly, dan pasien Jeffrey Goines, putra seorang ahli virus terkenal, yang mungkin memegang kunci kelompok nakal misterius, Tentara 12 Monyet, yang dianggap bertanggung jawab untuk melepaskan penyakit pembunuh.

Ketika sebuah virus bocor dari sebuah fasilitas rahasia, mengubah semua peneliti yang tinggal di sana menjadi zombi yang rakus dan hewan-hewan laboratorium mereka menjadi anjing-anjing yang bermutasi dari neraka, pemerintah mengirimkan satuan tugas militer elit untuk membendung wabah tersebut.

Saat kota dikarantina, Alice mengetahui bahwa orang-orang yang meninggal akibat insiden sebelumnya di Umbrella Corporation telah berubah menjadi zombie. Dia kemudian bergabung dengan sekelompok kecil tentara elit, yang ditugaskan untuk menyelamatkan putri pencipta T-virus yang bermutasi yang hilang. Ketika terjadi kekurangan keberuntungan dan sumber daya, mereka mulai melakukan pertempuran seru untuk bertahan hidup dan melarikan diri sebelum Umbrella Corporation menghapus eksperimennya dari muka bumi.