第25話「Air」 全ての使徒を倒したNERVに対し、サードインパクト発動を目論むゼーレが戦略自衛隊を使った武力占拠を開始する。施設が次々と破壊・占拠されていく中、シンジは戦自隊員に発見され殺されそうになるが、生きる意思を失くしていたシンジは抵抗すらしなかった。それをミサトが寸前で救出するが、移動中に銃撃に遭って負傷し、シンジにEVAで戦うよう言い残して命を落とす。 第26話 「まごころを、君に」シンジを乗せたEVA初号機を依代としてサードインパクトが始まる。これによって人類は個体の生命体としての姿を保てなくなり液化して崩れていき、その魂は「黒き月」に集められる。初号機はレイやカヲルの姿をとる巨人（第2使徒リリス）に取り込まれ、シンジはレイとカヲルに再会する。そこでシンジは人類が単体の生命となることを望まず、それぞれの個人がいる従来の世界を望みリリスは首から血を噴き出しながら倒れ崩れ落ちていく。

「貴族」マイエル＝リンクが、都の名門エルバーン家の少女シャーロットを拉致する事件が発生した。エルバーン家は、"D"に加え、「貴族」たちでさえ恐れる凄腕のハンター一味・マーカス兄妹にもシャーロットの救出を依頼した。 "D"、マーカス兄妹、マイエル＝リンクと彼が雇った怪物の用心棒「バルバロイの民」が入り乱れての追跡行の行きつく先、最終決戦の場は、悪名高い女「貴族」カーミラの居城であった。

車の陸送に従事するコワルスキーはコロラド州を訪れ、1970年型ダッチ・チャレンジャーをサンフランシスコまで運ぶ仕事に取りかかる。デンバーで立ち寄ったバーの店主と「目的地まで15時間で届ける」という賭けを行った彼は、時速200kmでハイウェイを爆走。追跡する白バイ警官を振り切り、検問を強行突破し、邪魔する者をすべて蹴散らしていくコワルスキーの暴走はニュースで知れ渡り、彼に協力する者も現れる。

人類が滅亡した後の地球で一体の人形「９」が目を覚ます。声が出ない彼は声をかけられた人形「２」と出会い、彼は喋れるようにしてくれた。しかし突然、機械怪獣・ビーストに襲われ「２」は連れ去られてしまう。一人ぼっちになったが次に出会ったのは、リーダーの「１」、女騎士の「７」などの仲間たち。９は２を助けようと仲間たちと共に旅に出る。

人類初の有人火星探査となる宇宙船カプリコン1号が打ち上げられることになった。しかしその打ち上げ数分前、三人の乗組員のブルーベイカー、ウィリス、ウォーカーは管制スタッフや見物客などに見つからぬように船内から連れ出され、砂漠の真ん中にある無人の古い基地へと連れていかれる。ロケットが無人のまま打ち上げられているとき、三人には本計画の責任者であるケラウェイ博士から、事情の説明と新たな指令がくだされる。

千葉県の舞浜南高校に通う「ソゴル・キョウ」は、幼なじみの「カミナギ・リョーコ」やケンカ仲間の悪友たちに囲まれて、 たったひとりの水泳部を再興する為に奮闘していた。 日々の生活に小さな不思議がいくつも重なり、やがてキョウは世界の秘密に気付いてゆく。 くり返される日常――――そこはまさにループする世界だった。 実験場として世界を改変しようとするガルズオルムと、永遠の夏に閉じ込められた人類の戦いはたったひとつの希望、 光の鎧ゼーガペインと「ミサキ・シズノ」の微笑みによって大きく変化してゆく。