In het 17e-eeuwse Japan is er een periode van vrede aangebroken. Veel clans raken daardoor ontbonden; samurai raken werkloos. Enkelen van hen dreigen met harakiri, ofwel rituele zelfmoord, in de hoop op een aalmoes.

Het weesjongetje Kotaro en zijn hondje worden opgejaagd door een bataljon Chinese Ming-soldaten. Maar ook de moorddadige samoerai van de Japanse Akaike-clan zijn naar hem op zoek. Het blijkt dat het joch, zonder het te weten, de sleutel is tot het eeuwige leven. Om die onsterfelijkheid te verkrijgen bestrijden de Ming en de Akaike elkaar. Kotaro heeft vriendschap gesloten met de langharige ex-ronin, die ze 'No Name' noemen. Vanwege een traumatische gebeurtenis in het verleden heeft hij zijn zwaard verzegeld en afstand gedaan van zijn naam. Toch is hij het die Kotaro te hulp schiet.

Zijn je "vrienden" van toen, nog steeds je "vrienden" nu? Dit is een verhaal van een zomer wonder. Als gevolg van een tragisch ongeval tijdens hun jeugd, dat het leven van één van hun vrienden nam, groeiden vijf vrienden uit elkaar. Op een zomerdag verschijnt voor hen "Menma," hun vriend die overleed. Ze vertelt hen dat ze om naar het hiernamaals over te gaan, een wens verleend moeten worden. Maar ze kan de wens helaas niet herinneren. De vrienden komen opnieuw bijeen om erachter te komen hoe ze "Menma" kunnen helpen. Tijd die eens stilstond begint langzaam nog eens te bewegen ... maar waarom kwam "Menma" terug?

Twee jaar zijn gepasseerd sinds Edward Elric terecht kwam in het Duitsland van 1921. In die tijd heeft hij veel onderzoek gedaan in de hoop een methode te vinden om terug te kunnen keren naar zijn tijd, helaas zonder resultaat. Wanneer hij hoort dat de Thule Society, die banden heeft met de Nazi partij, achter de locatie van de mystieke andere wereld, "Shambala", is gekomen, krijgt hij opnieuw hoop.

Ruka is een jong meisje wiens ouders gescheiden zijn en wiens vader in een aquarium werkt. Wanneer twee jongens, Umi en Sora, die door doejongs in de zee zijn opgevoed, naar het aquarium worden gebracht, voelt Ruka zich tot hen aangetrokken en begint ze te beseffen dat ze dezelfde soort bovennatuurlijke verbinding met de oceaan heeft als hen. De speciale kracht van Umi en Sora lijkt verband te houden met vreemde gebeurtenissen die steeds vaker voorkomen, zoals het verschijnen van zeedieren ver van hun thuisgebied en het verdwijnen van aquariumdieren over de hele wereld.

Op de beruchte Suzuran high school heerst een klimaat van geweld. Twee jeugdbendes staan lijnrecht tegenover elkaar en bevechten elkaar tot de dood.

Als gevolg van een oorlog, die de helft van de mensheid heeft gedood, staat de stad Olympus als een toren van hoop in een wereld vol chaos en conflicten. Deze utopie wordt geregeerd door Gaia en geholpen door genetisch gemaakte humanoids beter bekend als Bioriods. Deunan en Briareos zijn lid van de E.S.W.A.T., een speciale elite eenheid in Olympus die wordt ingezet wanneer er problemen zijn in de stad. Hun partnerschap wordt getest wanneer er een Biorod genaamd Tereus aan hun team wordt toegevoegd. Deze Biorod is gemaakt van het DNA van Briareos en bezit daardoor ook zijn eigenschappen. Tegelijk wordt Olympus in het geheim aangevallen door een groep wetenschappers die hun eigen versie van vrede op Aarde willen doorvoeren.

De ontdekking van het lijk van een jong meisje, gestorven door een illegale abortus, brengt Hanzo op het spoor van een perverse en demonische samenzwering. De top van het Shogunaat lijkt er bij betrokken te zijn, wat drastische gevolgen voor de natie kan hebben.

Wanneer er een geest opduikt bij de wateren rond de schatkamer van het Shogunaat, gaat Hanzo op onderzoek uit en ontdekt dat het een dekmantel is voor het smokkelen van goud. Wederom hangt er een waas van corruptie en samenzweringen om heen.