ロボットを武器に、平和を守るニンジャとして人知れずかつやくする少年ロイド。仲間と力を合わせ、実の父である悪のブラックガーマドンに勇かんに立ち向かう!

世界中で爆発的人気を誇るヤツらが帰ってきた。しかし、今度の敵は一筋縄ではいきそうにない。旧敵たちと古代のモンスターたちが、謎のリーダーの指揮の下で手を組んだのだ。果たしてタートルズはニューヨークを守ることができるのだろうか！？

鉄の意志を持ち、見事な剣の腕前を持つ忍者カムイは、おきてにがんじがらめにされた忍びの世界に閉口してそこから抜け出す。かつての仲間、大頭やミクモはそんな彼を裏切り者とみなし、執拗にその後を追う。ある日、漁師の半兵衛を助けたことでカムイはその家族に歓迎される。

宇宙の彼方から地球を征服するために飛来したバイラス星人。彼らは、まず邪魔者ガメラを排除すべく罠を仕掛ける。バイラス星人の宇宙船が茅ヶ崎でキャンプしていたボーイスカウトの少年、正夫とジムを人質にし、手を出せないガメラに脳波コントロール装置をセットしたのだ。ガメラはバイラス星人の操り人形と化し、破壊の限りを尽くす。続いてバイラス星人は、少年たちの命を盾に無条件降伏せよと人類を脅迫する。