In 2029 is de mutant bevolking aanzienlijk geslonken en de X-Men zijn ontbonden. Logan zijn vermogen om zichzelf te genezen is slinkende en hij ontfermt zich nu samen met de mutant Caliban over de zieke Professor X in een schuilplaats op de grens met Mexico.
Universal Century 0079. De mensheid heeft zelfs de ruimte zelf in een slagveld veranderd, en de strijdkrachten van het Prinsdom Zeon rukken op nadat ze de helft van de wereldbevolking hebben uitgeroeid door de Operatie British (koloniedropping) uit te voeren. Als reactie hierop mobiliseren de strijdkrachten van de Earth Federation hun overweldigende strijdkracht om het voordeel te herwinnen. De complexe intriges van de familie Zabi... Sayla Mass, terwijl ze kampt met de grillen van het lot... Hamon en Ramba Ral, die nu piloot is bij de Zeon-strijdkrachten... Amuro en Fraw, die een vredig leven leiden in Side 7... er valt een donkere schaduw over hen allemaal. En de Zeon-topper Char Aznable komt, gedreven door wraak, in actie als de 'Battle of Loum' eindelijk begint.
Elior Forest, bedekt met ijs en sneeuw, is de thuisbasis van gevaarlijke magische beesten en 50 in ijs bevroren elfen. Op een dag helpt de grote geest Puck een jong meisje uit haar ijsgevangenis te ontsnappen. Haar naam is Emilia, een halfelf geboren met zilverkleurig haar, lange oren en amethistenogen - kenmerken die lijken op de boze heks die lang geleden de halve wereld heeft vernietigd. Emilia wordt vanwege haar uiterlijk door de samenleving gemeden en woont in het bos met Puck als haar enige metgezel en gezin. Belast met een zonde van vernietiging waarvan ze zich niet kan herinneren dat ze die heeft begaan, brengt ze haar dagen door met het vinden van een manier om haar bevroren verwanten te helpen. Maar wanneer de grote geest Melakuera, de scheidsrechter van de wereld, Emilia vindt, wordt haar recht om in leven te blijven in twijfel getrokken. Zullen de ijsbanden die ze met Puck heeft gevormd de warme draad blijken te zijn die het lot tart?
Na het succes van de Dawn Rebellion onderhandelt Degwin met vice-admiraal Revil over het inleveren van alle bezittingen van de Federatie en de volledige terugtrekking van de Federatie-troepen uit Side 3 om te voorkomen dat soortgelijke incidenten zich opnieuw voordoen. Nadat hij door Degwin is berispt omdat hij niet voor Garma heeft gezorgd, stuurt Dozle Char - die Garma motiveerde om de rebellie te beginnen - naar de aarde; als reactie hierop vraagt Char om piloot van een mobiel pak te worden als hij terugkeert. Dozle voelt de last van zijn verantwoordelijkheden en stelt voor om Zenna Mia te cadetten. In de aardse stad Manaus krijgt Char een baan als piloot voor mobiele werknemers op een bouwplaats. Hij ontmoet een jonge Lalah Sune in een casino.
De Clone Wars razen naar hun hoogtepunt als Kanselier Palpatine wordt ontvoerd door General Grievous, een inmiddels bekende Jedi-doder. Anakin Skywalker en Obi-Wan Kenobi strijden als broers in dit gevecht om hem te redden en ze gaan een laatste confrontatie aan met de leider van de seperatisten, Count Dooku.
Terry McGinnis, de nieuwe Batman, komt oog in oog te staan met The Joker, de vijand van de oude Batman. Het probleem is dat de Joker eigenlijk al dood is, dus wie is deze Joker echt? Terry moet het op nemen tegen één van de gevaarlijkste vijanden van de oude Batman en ontdekt de geheimen van de laatste nacht dat Batman en de Joker tegen elkaar hebben gevochten.
Videopiraat Max Renn runt een eigen kanaal en zoekt nieuw materiaal voor zijn show. Hij ontdekt een snuffmovie-kanaal genaamd Videodrome. Zijn vriendin doet auditie en wanneer hij haar ziet op tv krijgt hij hallucinaties.
Douglas Quaid kan zijn droom, een reis naar Mars, niet betalen. Hij besluit in plaats hiervan een virtuele vakantie in z'n hersenen te laten implanteren. Dit gaat echter fout: Quaid herinnert zich dat hij een geheim agent is. Hij reist naar Mars af om de rebellen aldaar te helpen.
In de nabije toekomst heeft Amerika de strijd tegen drugs verloren en laten geheimagenten naast hun identiteit ook hun gezicht veranderen. Fred (Keanu Reeves) is zo’n undercoveragent, die een probleem krijgt wanneer hij teveel drugs (het populaire Substance D.) gebruikt, waardoor hij schizofreen wordt. Hierdoor ontstaat Fred's alter ego Bob, een meedogenloze drugsdealer.
De stad wordt opgeschrikt door twee terroristische aanslagen. Enerzijds trachten Motoko en Batou een terroristische organisatie te stoppen die een gedeelte van de stad probeert in te nemen. Anderzijds onderzoekt Togusa een bomaanslag op een dam, waarbij een man met een prothetisch been is omgekomen. Ogenschijnlijk lijken de zaken niet met elkaar te maken te hebben, maar langzaamaan wijzen alle sporen naar de nieuwe liefde van Motoko, Akira Hose, een specialist in prothetische onderdelen.
Vijf jaar na de OAV series, leven Third serie robot Naomi Armitage en haar man Ross Sylibus nu vreedzaam op Mars met hun dochter, tot een een groepering het geheim wil achterhalen van de Third mogelijkheden om kinderen te baren.
Logan en Victor zijn broers en tevens mutanten met bijzondere gaven. Nadat ze als soldaten worden gearresteerd, vraagt kolonel William Stryker het tweetal voor een bijzondere opdracht met een speciaal team van mutanten. Ze besluiten het te doen, maar op een gegeven moment stapt Logan op, om een vredig leven te starten. Als Logan een aantal jaren later echter wordt geconfronteerd met zijn gewelddadige broer Victor, besluit hij opnieuw met Stryker in zee te gaan. Stryker maakt van hem een uitzonderlijke mutant, sterk genoeg om Victor te verslaan. Wolverine is geboren.
Het is 2079: de aarde is al meer dan een decennium in oorlog met buitenaardse wezens. Spencer Olham is een wetenschapper wiens laatste werk waarschijnlijk de planeet zal redden. Plotseling wordt hij er echter van beschuldigd een buitenaardse spion te zijn, en wordt hij het middelpunt van een grote klopjacht.
In het jaar 2027 is mogelijk om je lichaam te upgraden met cybernetische implantaten. Agent Alex Rain heeft al heel wat up-grades ondergaan als hij tijdens een schietpartij met leden van de terroristische organisatie de Red Army Hammerhead zwaar beschadigd/gewond raakt. Wanneer Alex weer is opgelapt, neemt hij ontslag en gaat hij naar Rio om carrière te maken als smokkelaar. Alex wordt echter door zijn ex-baas, Farnsworth, ontvoerd en gedwongen nog 1 laatste klus te klaren. De Hammerheads hebben de plannen van een topontmoeting tussen Japanners en Amerikanen gestolen en Alex moet de terroristen opsporen en uitschakelen.
Na de grote nucleaire oorlog valt de mensheid uiteen in twee grote groepen: de slechte Euraks en de rebellen van de Federation. Op een dag wordt een huurling namens Parsifal door de Federation ingehuurd om het door de Euraks bezette New York binnen te dringen en daar de laatste vruchtbare vrouw op aarde te ontvoeren.
Hiroshi is een briljante geneticaspecialist. De man is in zijn eentje miljarden dollars waard, en zijn kennis wordt fel begeerd door alle topbedrijven. Dat is dan ook de reden waarom drie kopstukken uit de wereld van bedrijfsspionage jacht maken op de Japanner. Hij blijkt moeilijk te benaderen, maar ze weten dat hij valt voor brunettes. Als medewerker van Maas Corporation wordt hij wereldwijd beschermd door agenten die grof geld niet uit de weg gaan.
In de toekomst hebben kwaadaardige cyborgs de wereld in hun greep. Het is aan een groep vrijheidsstrijders, onder leiding van Kurt, om deze cyborgs te bestrijden en de wereld te bevrijden