Veteran perang Amerika ini direkrut untuk mengajarkan taktik militer modern di Jepang tahun 1870-an, lalu terjebak di dalam konflik antara sang kaisar dan para samurai.

Benjamin Franklin Gates dan Abigail Chase kembali bekerja sama dengan Riley Poole dan, sekarang berbekal setumpuk halaman yang telah lama hilang dari buku harian John Wilkes Booth, Ben harus mengikuti petunjuk yang tertinggal di sana untuk membuktikan bahwa leluhurnya tidak bersalah dalam pembunuhan Abraham Lincoln.