海賊船メガファウナに乗り、ジット団を追うベルリ・ゼナムたち。その間に、キャピタル・アーミィ、アメリア軍、ドレット艦隊がカシーバ・ミコシの付近で激しい戦闘を繰り返したことで、地球圏の戦況は一変してしまっていた。戦争が生む悲劇や憎悪を失くそうとするベルリだが、キャピタル・アーミィとジット団の共闘、アメリア軍とドレット艦隊の連帯によって、宇宙戦艦をも撃沈する破壊力を誇るモビルスーツ群が次々と戦場に投入され、やがて戦いの場所は大気圏内に移っていく。

アニメやフィギュアが大好きなオタク少年・小野田坂道は、入学した総北高校で、中学時代に自転車ロードレースで名を馳せた今泉俊輔と鳴子章吉と出会う。坂道は、小さな頃から自転車で毎週往復９０kmの秋葉原通いで知らずのうちに鍛えられた自転車の才能、高回転＜ハイケイデンス＞なペダリングを彼らに見出され、自転車競技部の門を叩く。今泉や鳴子、そして金城、巻島、田所ら実力派の先輩たちとの練習でどんどん才能を伸ばしていった坂道は、意外性の力を見込まれ全国大会＜インターハイ＞のメンバーに”クライマー”として選出される。チーム全員の想いが詰まったユニフォームジャージを真っ先にゴールに届けるため、チーム総北は力の限りペダルを回し、疾走する！

ギターを愛する孤独なぼっちちゃんこと、後藤ひとりは、極度の人見知りだった。彼女は家でひとりきり、ギターを弾く日々を送っていたが、伊地知虹夏がドラムを務める結束バンドに加入する。人前で演奏することに不慣れだった彼女は、徐々に変化を見せ始める。

資源の枯渇した地球を救うエネルギーである「フォトン・バッテリー」。地球では製造することのできないエネルギー装置の供給源へ向かうため、地球圏を離れたベルリ・ゼナム、アイーダ・スルガンらが乗艦するメガファウナは、ついに目的地である金星宙域にあるビーナス・グロゥブに到達する。地球への帰還＝レコンギスタ作戦を目論むジット団との戦いを経て、アイーダは、「フォトン・バッテリー」の生産と供給を独占している団体「ヘルメス財団」のラ・グー総裁との会談の機会を得る……。