ゴジラシリーズ第16作。ゴジラ生誕30周年記念として前作から9年振りに制作された。1975年まで制作された「昭和シリーズ」との繋がりはなく、第1作(1954年)「ゴジラ」の直接の続編としてリブートされた、俗に言う「平成シリーズ」の第1作。大黒島沖で遭難した漁船の生存者・奥村は荒れ狂う嵐の中で巨大な怪物の姿を目撃していた。奥村を救助した東都日報の牧は生物学者・林田の助言を求めるが、林田は30年前に帝都を襲撃し東京湾で葬られたゴジラが目覚めたと推測。はたしてゴジラは復活していた。ソ連原潜を沈め、静岡井浜原発に現れると放射能を吸収し海へと消えたゴジラ。だがそれは破滅へのプロローグでしかなかった。

1971年、男は悪の秘密結社ショッカーの手で改造人間にされた。その日以来、人間の自由を守るため、男は戦い続けている。彼の名は、本郷猛。この世に誕生した、最初の仮面ライダーである。長年、海外で悪と戦ってきた猛は、ひとりの少女の危機を知り、急遽帰国する。ショッカーが狙ったのは、女子高生・立花麻由。彼女の存在が、かつての最高幹部・地獄大使を復活させるために不可欠なのだ。猛は、ショッカーが麻由を狙う理由を探っていた仮面ライダーゴースト＝天空寺タケルや、その仲間たちと出会う。3年ぶりに猛との再会を果たした麻由は、猛への複雑な思いを抱えつつも、少しずつ心を開いていく。しかし、過酷な日々を過ごしてきた猛の肉体は、すでに限界へと近づいていた。なおも麻由を狙い襲い来る、ショッカー怪人たち。その一方で、ショッカーを裏切ったウルガ、イーグラ、バッファルの3人は、新たな組織・ノバショッカーを結成し、恐るべき作戦を始動させていた。麻由の危機、そして日本の最大の危機に、伝説の戦士・本郷猛が「変身」する。命を、愛を、未来へつなぐために。

ヘルヘイムの森とはまったく異なる世界の調査をすることになった葛葉紘汰 / 仮面ライダー鎧武は、シュウと名乗る少年に遭遇する。その時、本郷猛 / 仮面ライダー1号が現れてシュウを連れていってはならないと告げ、しかも紘汰をライダーと認めないと言い放つ。1号を始めとした昭和ライダーは何のために行動しているのか、紘汰には理解できなかった。 そんな中、紘汰はある理由から平成ライダー15人の力を結集しようと幾つもの世界を渡り歩いていた門矢士 / 仮面ライダーディケイドと接触。一連の事件はすべて地下帝国バダンが人類滅亡を画策した結果と語って力を貸す様に依頼するが、そこに再び昭和ライダーたちが現れ、バダンを生み出した根源は平成ライダーと主張。 平成ライダーと昭和ライダーの互いの主張は相容れず、遂に昭和ライダーは平成ライダーに戦いを挑む。 そして、平成昭和の区別なくライダーを倒す仮面ライダーフィフティーンの出現と烈車戦隊トッキュウジャーおよびキョウリュウレッド / ダイゴの参戦により、遂に平成ライダーと昭和ライダーの勝敗の行方が明らかになる。

ゴーバスターズの宿敵・ヴァグラスのエンターが新たなメタロイド・スチームロイドを誕生させた。「錆びる」メタウイルスをインストールされたスチームロイドが発する蒸気はバディロイドのメタルボディをも錆びさせてしまい、バスターマシンが出撃不能に陥ってしまう。 エンターはゴーバスターズのピンチをチャンスと捉え、“東京エネタワー”と呼ばれる場所に大量のエネトロンを集積させ一気に亜空間へ転送させようと企む。これが実現すればヴァグラスの現実世界侵攻は一気に進むどころか、周囲の人々が転送の犠牲になってしまう。しかしマシンが動かない状態のゴーバスターズは対抗手段もおぼつかない。そんな中、出動できるマシンが一機だけ残されていた。果たしてゴーバスターズは究極の“特命”を完遂できるのか?