第25話「Air」 全ての使徒を倒したNERVに対し、サードインパクト発動を目論むゼーレが戦略自衛隊を使った武力占拠を開始する。施設が次々と破壊・占拠されていく中、シンジは戦自隊員に発見され殺されそうになるが、生きる意思を失くしていたシンジは抵抗すらしなかった。それをミサトが寸前で救出するが、移動中に銃撃に遭って負傷し、シンジにEVAで戦うよう言い残して命を落とす。 第26話 「まごころを、君に」シンジを乗せたEVA初号機を依代としてサードインパクトが始まる。これによって人類は個体の生命体としての姿を保てなくなり液化して崩れていき、その魂は「黒き月」に集められる。初号機はレイやカヲルの姿をとる巨人（第2使徒リリス）に取り込まれ、シンジはレイとカヲルに再会する。そこでシンジは人類が単体の生命となることを望まず、それぞれの個人がいる従来の世界を望みリリスは首から血を噴き出しながら倒れ崩れ落ちていく。

街中で裸足の男が怪しげなことを口走っている。自分は空間転移装置の事故で異星から飛ばされてきた者だと言うのだ。偶然、この男に話しかけたウラジミールとゲデバンは、同じく男が手にしていた転移装置で、キン・ザ・ザ星雲の惑星ブリュクに飛ばされてしまう。果たして、二人は、この砂漠だけの惑星から無事に地球へ帰りつくことができるのか？

人類が滅亡した後の地球で一体の人形「９」が目を覚ます。声が出ない彼は声をかけられた人形「２」と出会い、彼は喋れるようにしてくれた。しかし突然、機械怪獣・ビーストに襲われ「２」は連れ去られてしまう。一人ぼっちになったが次に出会ったのは、リーダーの「１」、女騎士の「７」などの仲間たち。９は２を助けようと仲間たちと共に旅に出る。

１９９X年、世界は核の炎に包まれた。文明は滅び僅かな食料を奪い合う力の支配する荒廃した未来。北斗神拳、正統伝承者ケンシロウは親友シンに裏切られ恋人ユリアを奪われてしまう。北斗神拳の弟子でありケンシロウの義兄弟であったラオウ、ジャギは乱世に身を任せ暴力での世界統一の野望に燃え軍団を率いて次々と各地を支配していった。ユリアを捜し求め放浪の旅を送るケンシロウは、兄であるジャギ、親友であったシンらとの戦いの中非常さも加わり強くなっていく。そしてついに無双の強さを極めた北斗神拳長兄ラオウとの壮絶な戦いの火蓋が切られる。

世界で一冊だけ残る本を運び、30年間旅をしている男イーライ（デンゼル・ワシントン）。本に触れる者をためらわずに誰でも殺すイーライだが、彼は旅の目的地を知らず、「西へ向かう」という手掛かりだけを頼りに歩き続けている。そんな中、彼の前に、本を探し続ける独裁者カーネギー（ゲイリー・オールドマン）が現れ……。

世界大戦後の廃墟で生き延びていた女性兵士デュナンは、人類への奉仕者として肉体・感情を制御されたクローン人間バイオロイドの管理する理想都市オリュンポスに連行され、そこで全身サイボーグ化していた恋人ブリアレオスと再会する。彼の所属する元老院ESWATの一員となったデュナンは、やがてバイオロイドの開発とオリュンポス計画に自分の両親が関わっていた事実を知り、自身もバイオロイドの軛を解き放つ鍵「アップルシード」をめぐる陰謀に巻き込まれていく。

歴史の連続性が途絶えるほどの未来、世界はその姿を大きく変えていた。 それはどこまでも続く巨大な廃墟の世界。 海や大地は姿を消し、過去の風景は廃墟から発掘される『記録』の中にのみ存在していた。 記録を発掘 ・復元し、そこから過去の世界を分析する。 これらの作業を一手に引き受ける施設『記録発掘局』。 この世界で92番目に設立された発掘局に、ウラはいた。彼はあらゆる記録に、過去の世界に埋没していた。 彼を遠くから見守る距離に、いつもリコがいた。彼女は記録に背を向けていた。 この世界のあらゆる人間は知っていた。 過去を知ることは、この現実の不幸を知ることだと。 ある時ウラは、奇妙な映像記録を復元する。

５０年続いた大戦に勝利した大亜細亜聯邦共和國。ところが、その繁栄の裏側では様々な病気が人類を脅かしていた。そんな中、重い病に苦しむ妻・ミドリの為に、人間のあらゆる部位を自在に造り出す“新造細胞”理論を提唱していた東博士は、軍部の援助により本格的に研究を開始するが、実験場から新生命体“新造人間”が誕生。大多数は軍によって始末されるも、生き延びたブライキング・ボスら数名の新造人間たちは、生きる為に容易に戦いの道を選んでしまう人類の世界を破壊しようと、攻撃を仕掛けて来た。再びの戦火。それを収めるべく立ち上がったのは、先の大戦で戦死し、新造細胞によって蘇生した東博士の息子・鉄也だった。