Nogle år ude i fremtiden er James Howlett, alias Logan eller Wolverine, langsomt ved at blive slået ihjel af sit adamantiumskelet, der før gjorde ham usårlig. Logan bor med sin syge mentor, Charles Xavier, og mutanten Caliban langt ude på bøhlandet, men der bliver alligevel ballade, da en ung pige, Laura, dukker op forfulgt af svært bevæbnede mænd. Laura viser sig at have evner, der forbinder hende til Logan.

Ages fortid, skoven blev vækket og Månen udløst en hundesulten bæst på Jorden. Mennesket krøb i frygt ... Det har været 300 år siden menneskehedens forstyrrelser af miljø forlod Jorden i ruiner. Nu er resterne af menneskeheden delt som aldrig før. Den smuldrende rester af store byer står i svag sameksistens med den indtrængende skov, og mennesker lever på begge sider af denne brygning konflikt. Unge Agito, søn af en aldrende helt, uforvarende sætter gang i en række katastrofale begivenheder, når han vandrer ind i en forbudt zone af skoven. Han snubler over en kryogen stasis rør indeholdende Toola, en pige, der har en afgørende opgave betroet hende fra fortiden ... Det er en usikker fred i en unaturlig tid. Kun ved at søge deres sjæle og undersøge fortiden, vil Agito og Toola forstå oprindelsen af alle ting og forene menneskeheden med skoven.

I en post-apokalyptisk fremtid, hvor befolknings kontrol er dikteret af en high-school afgangsprøve, to studerende opdager testen er uetisk og skjuler en større sammensværgelse.