Een uitbeelding van de invloed van het moderne menselijke leven op de wereld om ons heen, geschoten in elkaar opvolgende beeldsequenties, op de muziek van Philip Glass.
Centraal staat het leven van planten en dieren in de woestijn in deze documentaire van Disney. Reptielen, wilde varkens, insecten, muizen en vogels worden gevolgd tijdens hun dagelijkse routine en hun problemen met het vinden van eten, en niet zelf de prooi te worden van andere dieren.
Door de ogen van en de herinneringen aan een oudere, bereidt een jonge pinguïn zich voor op zijn eerste reis. De regisseur speelt instinctief in op de mysterieuze oproep die hem inspireert om de oceaan te bereiken, ontdekt de ongelooflijke gebeurtenissen die op hun beurt zijn lot kruisen en zorgen voor zijn voortbestaan en dat van zijn soort. Hij wandelt door de landschappen van Antarctica, voelt de ijzige wind en koude die hem opwacht bij elke stap en duikt met hem, naar de tot nu toe onontgonnen zeebodem.
Hoewel meer dan tweederde van onze planeet bedekt is met water weten we meer over het maanoppervlak dan over de zeebodem. Deep Blue is een reis naar de wereld van de zee.