Takezo beslutter sig til at droppe tilværelsen som omrejsende og slutter sig til Shogun, Japans mest magtfulde klanleder. På samme tid udfordres han til duel af Sasaki Kojiro, en talentfuld kriger. Takezo accepterer udfordringen, men beder om et års forberedelsestid. Han vælger at leve uden Shoguns beskyttelse og slår sig ned i udkanten af en landsby, hvor han dyrker grøntsager. Otso og Akemi følger ham dertil. Begge kvinder er forelskede i ham. Efter at Takezo har hjulpet landsbyen i et opgør med banditter, søger han kærligheden hos Atso, og så rejser han endelig til Ganryu Island for at kæmpe sit livs endelige kamp.
Tusind dage er gået, siden Godzilla forsvandt i dybet. Tokyos indbyggere frygter stadig monstrets tilbagevenden, men i stedet kommer der andre uventede gæster fra fremtiden. Videnskabsmænd ankommer i en tidsmaskine med en foruroligende desked: Om 200 år vil Godzilla vende tilbage, og denne gang vil det lykkes for ham at tilintetgøre verden! Nøglen til redning kan endnu længere tilbage i tiden, nemlig dengang da monstret blev skabt. Kan man slette Godzilla fra fremtiden, truer han ikke fremtiden længere. Men i stedet rammes verden af en anden frygtelig fare: Det trehovedede uhyre King Ghidorah!