孤高の海賊ジャック・スパロウが最も恐れる存在“海の死神”サラザールが解き放たれた。サラザールはジャックに復讐を果たすため執拗に行方を追っていた。サラザールを阻止できるのは伝説の秘宝＜ポセイドンの槍＞だけ。一方、幽霊船に捕らわれた父ウィルを救うためにヘンリーが探していたのも＜ポセイドンの槍＞だった。そして、その在処を示す日記を持つ美しき天文学者カリーナ。それぞれの思惑が絡み合う中、危険な冒険の旅が始まる。しかし、予想外の運命のいたずらが彼らの行く手に待ち受けていたのだった。

若き戦士と使い魔は、望みをかなえると言い伝えられている"聖地"を探して旅をする。遺跡の守護者と聖地の精霊だけは、決して怒らせてはならないのだが...。

18年前に失踪した父の友人から、奇妙な植物の種をもらったジャック。それを庭にまくと、巨大な豆の木が生えてきて雲の上まで伸びる木を登ると天空に浮かぶ不思議な世界だった。そこは悪の女王シリーナが、巨大怪獣を魔法で操り支配している王国でジャックは父親と再会する。その頃、人間界征服の野望に燃えるシリーナが怪獣たちを率いて地上に降り立ち、その猛威に人類の軍隊は歯が立たない。ジャックは地上に戻りシリーナに決戦を挑む。