ジョニーは出所したばかりにも関わらず、競馬場の売上金強奪を企み仲間を集める。周到な準備の末、いよいよ決行の時が来るが、計画が成功したかに思えた瞬間、思わぬ展開がジョニーたちを待っていた……。

自分を暗殺者に仕立てあげたCIAの極秘プロジェクト、“トレッドストーン計画”などに関する取材を進めていた新聞記者ロスとロンドンで接触しようとしたボーン。しかし、CIAの現地要員に監視されていたロスは、若い暗殺者に狙撃されてしまう。

前作から2年。CIAのパメラ・ランディは、ベルリンである事件の調査を行っていたが、何者かの襲撃を受け、調査チームの一人が死亡。時を同じくして、ボーンたちにも危険が迫る。人目を避けてインドのゴアで暮らしていたジェイソン・ボーンと恋人のマリーに刺客が迫り、マリーは殺されてしまう。ボーンはCIAが自分を始末しようとしていると推測してCIAを追い、CIAのパメラは現場に残されたボーンの指紋から襲撃犯はボーンだと考えボーンを追う。そしてベルリンとモスクワを舞台に、次第に「トレッドストーン計画」に隠された真実が明らかになっていく。

温厚誠実な銀行員サム・ウィート（パトリック・スウェイジ）は、陶芸家として成功しつつある最愛の恋人モリー・ジェンセン（デミ・ムーア）と幸せな時間を過ごし、同僚の友人カール・ブルーナー（トニー・ゴールドウィン）とも良好な関係を維持しながら順調に仕事をこなし、平穏な日々を送っていた。 ある日、サムは勤め先の銀行で、コンピュータ内の口座データに異変があるのを発見した。カールが手伝おうとしたが、サムは断り残業して調べる…。 後日、サムとモリーが「マクベス」を観劇しての帰り道、モリーがサムに自分の心を打ち明けた。「貴方と結婚したい」。今まで、彼女が避けていた問題だったのでサムは驚く。悩むサムに、モリーはなぜ「愛してる」と言葉にしてくれないのかと問い詰める。「愛してる……」とモリーが言うと、サムは必ず「Ditto（同じく）」と答えていた。 しかしそのとき、暗がりから一人の暴漢がサムを襲った。そしてサムと暴漢は揉み合いになり、暴漢が持っていた拳銃が発砲された。そして暴漢は逃げ、それを追いかけるも取り逃がしたサムが諦めて戻ると、モリーが血だらけの自分を抱いていた。サムは死んでゴーストになってしまったのだ。

少年時代からいつも一緒にいる一卵性双生児の兄弟、エリオットとビヴァリー。容姿はうり二つだが、性格は兄エリオットが社交的で野心家、弟ビヴァリーが内気な努力家と正反対。兄弟はトロントで婦人科医の医院を営むが、ビヴァリーは診察した女優クレアの子宮が3つに分かれていたので驚く。やがてクレアはエリオットと肉体関係を持つが、クレアはエリオットに双子の弟がいることを知らない。こうして異様な三角関係が生まれる。

アメリカ連邦議会ではテロ対策のための「通信の保安とプライバシー法」案を巡って議論が交わされていた。この法案は、法執行機関による監視権限を拡大し、一般市民のプライバシーを大幅に侵害する恐れがあった。国家安全保障局（NSA）の高官トーマス・ブライアン・レイノルズは法案を可決させるべく、強硬な反対派の下院議員フィリップ・ハマースリーを、目撃者のいない湖畔で暗殺する。レイノルズの思惑通りハマースリーの死は心臓発作による事故死と見られた。

刑事のハン・ドギョン（チョン・ウソン）は、利権と成功のために各所で犯罪に手を染める悪党市長のパク・ソンべ（ファン・ジョンミン）の悪事の後始末を対価に金を受け取っている。末期癌の妻の治療費を言い訳に、金になることはなんでもするようになり、次々に悪事に手を染めるようになるドギョン。ドギョンの弱点を握る検事キム・チャイン（クァク・ドウォン）と検察捜査官ド・チャンハク（チョン・マンシク）はドギョンを脅迫、利用し、パク・ソンべ市長の不正と犯罪容疑を明らかにしようとする。それぞれの利益と目的のためにハン・ドギョンを追い詰める検察とパク・ソンべ。台風の目のようになってしまったドギョンは自分を実の兄のように慕っている後輩の刑事ムン・ソンモ（チュ・ジフン）までも巻き込みパク・ソンべ市長の手下にしてしまう。生き残るために血眼になった悪人たちの地獄の闘いが繰り広げられる・・・。

画期的な人工皮膚の研究をしていたペイトン。恋人の弁護士ジュリーが研究所に持ち込んだ書類がきっかけとなり麻薬組織に襲われ研究所諸共爆破され全身を焼かれたまま、爆破の衝撃で吹き飛ばされ行方不明となってしまう。死んだと思われていたペイトンだが身元不明の重傷者として病院に収監されていた。意識を取り戻したペイトンは復讐心に駆られ病院を脱走しかつて研究していた人工皮膚を利用し、誰にでもそっくりに化けることができる事が可能となる。人工皮膚を使い醜い焼けどの化け物に自分をした麻薬組織への復讐を始めるのだった。

日本の大企業ナカモトがロサンゼルスの一角に建てた超高層ビルの落成パーティが開かれた夜、ビル内でコールガールのシェリルの変死体が発見された。外国人がらみの事件を担当する市警渉外係のウェッブ・スミス警部補は、ジョン・コナー警部と共同で捜査を開始した。コナーは日本人の習慣に沿った捜査法を進めるが日本人をよく思わないグラハム刑事は批判的だった。ナカモトでは最近、日本から出向いた重役のヨシダ、ロス支社のエリート・イシハラ、ネゴシエイターのリッチモンドらがマイクロコン社の買収を進めていたが、アメリカの軍事技術開発にも関わっている同社だけに米議会が認めず、難航していた。